getAAFrequencies.RdgetAAFrequencies calculates amino acid frequencies in amino acid
data frame.
getAAFrequencies(aa_variation)Amino acid variation data frame as returned by hlaToAAVariation.
Data frame with each row holding specific amino acid position, it's count and frequency.
Both gene copies are taken into consideration for frequencies calculation,
frequency = n / (2 * j) where n is the number of amino acid
occurrences and j is the number of samples in aa_variation.
aa_variation <- hlaToAAVariation(MiDAS_tut_HLA)
getAAFrequencies(aa_variation)
#> aa_pos Counts Freq
#> 1 A_-21_* 1931 0.9655
#> 2 A_-21_V 2 0.0010
#> 3 A_-21_M 67 0.0335
#> 4 A_-18_* 1931 0.9655
#> 5 A_-18_R 68 0.0340
#> 6 A_-18_P 1 0.0005
#> 7 A_-16_* 1931 0.9655
#> 8 A_-16_L 68 0.0340
#> 9 A_-16_I 1 0.0005
#> 10 A_-15_* 1931 0.9655
#> 11 A_-15_V 38 0.0190
#> 12 A_-15_L 31 0.0155
#> 13 A_-11_* 1931 0.9655
#> 14 A_-11_S 57 0.0285
#> 15 A_-11_L 12 0.0060
#> 16 A_-5_* 1931 0.9655
#> 17 A_-5_T 68 0.0340
#> 18 A_-5_P 1 0.0005
#> 19 A_3_H 1996 0.9980
#> 20 A_3_Q 4 0.0020
#> 21 A_6_R 1999 0.9995
#> 22 A_6_G 1 0.0005
#> 23 A_9_Y 429 0.2145
#> 24 A_9_F 1037 0.5185
#> 25 A_9_S 379 0.1895
#> 26 A_9_T 155 0.0775
#> 27 A_12_V 1979 0.9895
#> 28 A_12_M 21 0.0105
#> 29 A_17_R 1914 0.9570
#> 30 A_17_S 86 0.0430
#> 31 A_19_E 1999 0.9995
#> 32 A_19_K 1 0.0005
#> 33 A_29_D 1999 0.9995
#> 34 A_29_A 1 0.0005
#> 35 A_43_Q 1978 0.9890
#> 36 A_43_R 22 0.0110
#> 37 A_44_R 1754 0.8770
#> 38 A_44_K 246 0.1230
#> 39 A_54_Q 1998 0.9990
#> 40 A_54_R 2 0.0010
#> 41 A_56_G 1857 0.9285
#> 42 A_56_R 143 0.0715
#> 43 A_62_R 299 0.1495
#> 44 A_62_G 555 0.2775
#> 45 A_62_E 294 0.1470
#> 46 A_62_Q 798 0.3990
#> 47 A_62_L 54 0.0270
#> 48 A_63_N 299 0.1495
#> 49 A_63_E 1647 0.8235
#> 50 A_63_Q 54 0.0270
#> 51 A_65_R 1706 0.8530
#> 52 A_65_G 294 0.1470
#> 53 A_66_N 1152 0.5760
#> 54 A_66_K 848 0.4240
#> 55 A_67_V 1754 0.8770
#> 56 A_67_M 246 0.1230
#> 57 A_70_H 1460 0.7300
#> 58 A_70_Q 540 0.2700
#> 59 A_73_T 1900 0.9500
#> 60 A_73_I 100 0.0500
#> 61 A_74_D 1443 0.7215
#> 62 A_74_H 557 0.2785
#> 63 A_76_E 458 0.2290
#> 64 A_76_V 1143 0.5715
#> 65 A_76_A 399 0.1995
#> 66 A_77_S 118 0.0590
#> 67 A_77_D 1143 0.5715
#> 68 A_77_N 739 0.3695
#> 69 A_79_R 411 0.2055
#> 70 A_79_G 1589 0.7945
#> 71 A_80_I 411 0.2055
#> 72 A_80_T 1589 0.7945
#> 73 A_81_A 411 0.2055
#> 74 A_81_L 1589 0.7945
#> 75 A_82_L 411 0.2055
#> 76 A_82_R 1589 0.7945
#> 77 A_83_R 411 0.2055
#> 78 A_83_G 1589 0.7945
#> 79 A_90_D 542 0.2710
#> 80 A_90_A 1458 0.7290
#> 81 A_95_I 1146 0.5730
#> 82 A_95_V 539 0.2695
#> 83 A_95_L 315 0.1575
#> 84 A_97_R 749 0.3745
#> 85 A_97_M 571 0.2855
#> 86 A_97_I 680 0.3400
#> 87 A_99_Y 1697 0.8485
#> 88 A_99_F 296 0.1480
#> 89 A_99_C 7 0.0035
#> 90 A_102_D 1994 0.9970
#> 91 A_102_H 6 0.0030
#> 92 A_103_V 1999 0.9995
#> 93 A_103_L 1 0.0005
#> 94 A_105_P 623 0.3115
#> 95 A_105_S 1377 0.6885
#> 96 A_107_G 1442 0.7210
#> 97 A_107_W 558 0.2790
#> 98 A_109_F 1935 0.9675
#> 99 A_109_L 65 0.0325
#> 100 A_114_Q 332 0.1660
#> 101 A_114_H 875 0.4375
#> 102 A_114_R 709 0.3545
#> 103 A_114_E 84 0.0420
#> 104 A_116_D 1036 0.5180
#> 105 A_116_Y 874 0.4370
#> 106 A_116_H 84 0.0420
#> 107 A_116_N 4 0.0020
#> 108 A_116_F 1 0.0005
#> 109 A_116_V 1 0.0005
#> 110 A_127_N 1066 0.5330
#> 111 A_127_K 934 0.4670
#> 112 A_142_I 1359 0.6795
#> 113 A_142_T 641 0.3205
#> 114 A_144_Q 525 0.2625
#> 115 A_144_K 1475 0.7375
#> 116 A_145_R 1359 0.6795
#> 117 A_145_H 641 0.3205
#> 118 A_149_T 177 0.0885
#> 119 A_149_A 1823 0.9115
#> 120 A_150_A 1754 0.8770
#> 121 A_150_V 246 0.1230
#> 122 A_151_H 1648 0.8240
#> 123 A_151_R 351 0.1755
#> 124 A_151_L 1 0.0005
#> 125 A_152_E 386 0.1930
#> 126 A_152_V 1163 0.5815
#> 127 A_152_A 369 0.1845
#> 128 A_152_R 45 0.0225
#> 129 A_152_W 37 0.0185
#> 130 A_156_W 276 0.1380
#> 131 A_156_L 1092 0.5460
#> 132 A_156_Q 385 0.1925
#> 133 A_156_R 247 0.1235
#> 134 A_158_A 1754 0.8770
#> 135 A_158_V 246 0.1230
#> 136 A_161_E 1781 0.8905
#> 137 A_161_D 219 0.1095
#> 138 A_163_R 535 0.2675
#> 139 A_163_T 1464 0.7320
#> 140 A_163_E 1 0.0005
#> 141 A_164_C 1999 0.9995
#> 142 A_164_F 1 0.0005
#> 143 A_166_E 1463 0.7315
#> 144 A_166_D 537 0.2685
#> 145 A_167_W 1463 0.7315
#> 146 A_167_G 537 0.2685
#> 147 A_171_Y 1977 0.9885
#> 148 A_171_H 23 0.0115
#> 149 A_182_T 1999 0.9995
#> 150 A_182_A 1 0.0005
#> 151 A_184_* 1910 0.9550
#> 152 A_184_A 44 0.0220
#> 153 A_184_P 46 0.0230
#> 154 A_186_* 1910 0.9550
#> 155 A_186_K 87 0.0435
#> 156 A_186_R 3 0.0015
#> 157 A_193_* 1910 0.9550
#> 158 A_193_A 50 0.0250
#> 159 A_193_P 40 0.0200
#> 160 A_194_* 1910 0.9550
#> 161 A_194_V 50 0.0250
#> 162 A_194_I 40 0.0200
#> 163 A_207_* 1910 0.9550
#> 164 A_207_S 50 0.0250
#> 165 A_207_G 40 0.0200
#> 166 A_219_* 1910 0.9550
#> 167 A_219_R 89 0.0445
#> 168 A_219_Q 1 0.0005
#> 169 A_231_* 1910 0.9550
#> 170 A_231_V 89 0.0445
#> 171 A_231_M 1 0.0005
#> 172 A_245_* 1910 0.9550
#> 173 A_245_A 85 0.0425
#> 174 A_245_V 5 0.0025
#> 175 A_246_* 1910 0.9550
#> 176 A_246_A 64 0.0320
#> 177 A_246_S 26 0.0130
#> 178 A_253_* 1910 0.9550
#> 179 A_253_Q 50 0.0250
#> 180 A_253_E 40 0.0200
#> 181 A_276_* 1931 0.9655
#> 182 A_276_P 48 0.0240
#> 183 A_276_L 21 0.0105
#> 184 A_282_* 1931 0.9655
#> 185 A_282_I 55 0.0275
#> 186 A_282_V 14 0.0070
#> 187 A_283_* 1931 0.9655
#> 188 A_283_P 68 0.0340
#> 189 A_283_H 1 0.0005
#> 190 A_284_* 1931 0.9655
#> 191 A_284_I 68 0.0340
#> 192 A_284_T 1 0.0005
#> 193 A_294_* 1931 0.9655
#> 194 A_294_F 34 0.0170
#> 195 A_294_L 35 0.0175
#> 196 A_297_* 1931 0.9655
#> 197 A_297_V 64 0.0320
#> 198 A_297_M 5 0.0025
#> 199 A_298_* 1931 0.9655
#> 200 A_298_I 56 0.0280
#> 201 A_298_F 13 0.0065
#> 202 A_299_* 1931 0.9655
#> 203 A_299_T 49 0.0245
#> 204 A_299_A 20 0.0100
#> 205 A_307_* 1931 0.9655
#> 206 A_307_M 56 0.0280
#> 207 A_307_R 13 0.0065
#> 208 A_311_* 1931 0.9655
#> 209 A_311_K 55 0.0275
#> 210 A_311_N 14 0.0070
#> 211 A_321_* 1931 0.9655
#> 212 A_321_S 48 0.0240
#> 213 A_321_T 21 0.0105
#> 214 A_334_* 1931 0.9655
#> 215 A_334_V 49 0.0245
#> 216 A_334_M 20 0.0100
#> 217 B_-23_* 1928 0.9640
#> 218 B_-23_R 58 0.0290
#> 219 B_-23_L 14 0.0070
#> 220 B_-21_* 1927 0.9635
#> 221 B_-21_T 58 0.0290
#> 222 B_-21_M 15 0.0075
#> 223 B_-16_* 1926 0.9630
#> 224 B_-16_V 48 0.0240
#> 225 B_-16_L 26 0.0130
#> 226 B_-11_* 1926 0.9630
#> 227 B_-11_S 26 0.0130
#> 228 B_-11_W 48 0.0240
#> 229 B_-10_* 1926 0.9630
#> 230 B_-10_G 57 0.0285
#> 231 B_-10_A 17 0.0085
#> 232 B_-9_* 1926 0.9630
#> 233 B_-9_A 73 0.0365
#> 234 B_-9_V 1 0.0005
#> 235 B_-8_* 1926 0.9630
#> 236 B_-8_L 29 0.0145
#> 237 B_-8_V 45 0.0225
#> 238 B_9_Y 1414 0.7070
#> 239 B_9_H 455 0.2275
#> 240 B_9_D 131 0.0655
#> 241 B_11_S 590 0.2950
#> 242 B_11_A 1410 0.7050
#> 243 B_12_V 630 0.3150
#> 244 B_12_M 1370 0.6850
#> 245 B_24_S 655 0.3275
#> 246 B_24_T 659 0.3295
#> 247 B_24_A 686 0.3430
#> 248 B_30_D 1868 0.9340
#> 249 B_30_G 132 0.0660
#> 250 B_32_Q 1422 0.7110
#> 251 B_32_L 578 0.2890
#> 252 B_33_F 1999 0.9995
#> 253 B_33_S 1 0.0005
#> 254 B_41_A 1420 0.7100
#> 255 B_41_T 580 0.2900
#> 256 B_45_E 637 0.3185
#> 257 B_45_K 500 0.2500
#> 258 B_45_M 303 0.1515
#> 259 B_45_T 548 0.2740
#> 260 B_45_G 12 0.0060
#> 261 B_46_E 1697 0.8485
#> 262 B_46_A 303 0.1515
#> 263 B_52_I 1988 0.9940
#> 264 B_52_V 12 0.0060
#> 265 B_59_Y 1997 0.9985
#> 266 B_59_H 3 0.0015
#> 267 B_62_R 1879 0.9395
#> 268 B_62_G 121 0.0605
#> 269 B_63_N 1014 0.5070
#> 270 B_63_E 986 0.4930
#> 271 B_65_Q 1869 0.9345
#> 272 B_65_R 131 0.0655
#> 273 B_66_I 1858 0.9290
#> 274 B_66_K 11 0.0055
#> 275 B_66_N 131 0.0655
#> 276 B_67_Y 259 0.1295
#> 277 B_67_S 909 0.4545
#> 278 B_67_F 450 0.2250
#> 279 B_67_C 251 0.1255
#> 280 B_67_M 131 0.0655
#> 281 B_69_A 456 0.2280
#> 282 B_69_T 1533 0.7665
#> 283 B_69_R 11 0.0055
#> 284 B_70_Q 257 0.1285
#> 285 B_70_N 1533 0.7665
#> 286 B_70_K 79 0.0395
#> 287 B_70_S 131 0.0655
#> 288 B_71_A 467 0.2335
#> 289 B_71_T 1533 0.7665
#> 290 B_72_Q 1999 0.9995
#> 291 B_72_R 1 0.0005
#> 292 B_74_D 571 0.2855
#> 293 B_74_Y 1429 0.7145
#> 294 B_76_E 1987 0.9935
#> 295 B_76_V 13 0.0065
#> 296 B_77_S 1098 0.5490
#> 297 B_77_N 803 0.4015
#> 298 B_77_D 97 0.0485
#> 299 B_77_G 2 0.0010
#> 300 B_80_N 1097 0.5485
#> 301 B_80_T 464 0.2320
#> 302 B_80_I 439 0.2195
#> 303 B_81_L 1197 0.5985
#> 304 B_81_A 803 0.4015
#> 305 B_82_R 1097 0.5485
#> 306 B_82_L 903 0.4515
#> 307 B_83_G 1097 0.5485
#> 308 B_83_R 903 0.4515
#> 309 B_90_A 1998 0.9990
#> 310 B_90_D 2 0.0010
#> 311 B_94_T 1422 0.7110
#> 312 B_94_I 578 0.2890
#> 313 B_95_L 929 0.4645
#> 314 B_95_W 467 0.2335
#> 315 B_95_I 604 0.3020
#> 316 B_97_S 358 0.1790
#> 317 B_97_R 1035 0.5175
#> 318 B_97_T 368 0.1840
#> 319 B_97_N 77 0.0385
#> 320 B_97_V 94 0.0470
#> 321 B_97_W 68 0.0340
#> 322 B_99_Y 1966 0.9830
#> 323 B_99_S 27 0.0135
#> 324 B_99_F 7 0.0035
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#> 642 C_332_* 1945 0.9725
#> 643 C_332_S 41 0.0205
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