getFrequencies.RdCalculate features frequencies for a given experiment in MiDAS object.
getFrequencies(
object,
experiment,
carrier_frequency = FALSE,
compare = FALSE,
ref_pop = list(hla_alleles = c("USA NMDP African American pop 2", "USA NMDP Chinese",
"USA NMDP European Caucasian", "USA NMDP Hispanic South or Central American",
"USA NMDP Japanese", "USA NMDP North American Amerindian",
"USA NMDP South Asian Indian"), kir_genes = c("USA California African American KIR",
"USA California Asian American KIR", "USA California Caucasians KIR",
"USA California Hispanic KIR")),
ref = list(hla_alleles = allele_frequencies, kir_genes = kir_frequencies)
)MiDAS object.
Matrix or SummarizedExperiment object.
Logical flag indicating if carrier frequency should be returned.
Logical flag indicating if hla_calls frequencies
should be compared to reference frequencies given in ref.
Named list of character vectors giving names of reference
populations in ref to compare with. Optionally vectors can be named,
then those names will be used as population names. Each vector should
correspond to a specific experiment.
Named list of reference frequencies data frames. Each element
should give reference for a specific experiment. See
allele_frequencies for an example on how reference
frequency data frame should be formatted.
Data frame with features from selected experiment and their
corresponding frequencies. Column "term" hold features names,
"Counts" hold number of feature occurrences, "Freq" hold
feature frequencies. If argument compare is set to TRUE,
further columns will hold frequencies in reference populations.
# using default reference populations
getFrequencies(object = MiDAS_tut_object,
experiment = "hla_alleles",
compare = TRUE)
#> term Counts Freq USA NMDP African American pop 2 USA NMDP Chinese
#> 1 A*25:01 52 0.0260 0.003400 0.000200
#> 2 A*26:01 90 0.0450 0.014600 0.023700
#> 3 B*07:02 152 0.0760 0.072900 0.007900
#> 4 B*18:01 129 0.0645 0.032000 0.002600
#> 5 C*07:02 219 0.1095 0.071300 0.194400
#> 6 C*12:03 142 0.0710 0.014900 0.017600
#> 7 DPA1*01:03 1522 0.7610 NA NA
#> 8 DPB1*02:01 304 0.1520 NA NA
#> 9 DPB1*04:01 685 0.3425 NA NA
#> 10 DQA1*01:02 358 0.1790 NA NA
#> 11 DQA1*05:05 305 0.1525 NA NA
#> 12 DQB1*03:01 403 0.2015 NA NA
#> 13 DQB1*06:02 215 0.1075 NA NA
#> 14 DRA*01:02 711 0.3555 NA NA
#> 15 DRB1*12:01 38 0.0190 0.038200 0.034200
#> 16 DRB1*15:01 228 0.1140 0.028200 0.101200
#> 17 A*02:01 486 0.2430 0.123500 0.094600
#> 18 A*02:324 1 0.0005 NA NA
#> 19 B*50:01 31 0.0155 0.008900 0.002700
#> 20 C*06:02 195 0.0975 0.086500 0.044700
#> 21 DPB1*04:02 202 0.1010 NA NA
#> 22 DQA1*02:01 256 0.1280 NA NA
#> 23 DQB1*02:02 201 0.1005 NA NA
#> 24 DRA*01:01 1289 0.6445 NA NA
#> 25 DRB1*07:01 249 0.1245 0.101100 0.053100
#> 26 DRB1*11:04 93 0.0465 0.005800 0.002500
#> 27 A*24:02 228 0.1140 0.024500 0.151900
#> 28 A*24:04 1 0.0005 NA 0.000100
#> 29 B*40:06 17 0.0085 0.000400 0.017200
#> 30 B*46:01 11 0.0055 0.000072 0.134300
#> 31 C*01:03 2 0.0010 NA 0.001400
#> 32 C*15:02 47 0.0235 0.005400 0.025600
#> 33 DPA1*02:01 308 0.1540 NA NA
#> 34 DPA1*02:02 125 0.0625 NA NA
#> 35 DPB1*05:01 107 0.0535 NA NA
#> 36 DPB1*14:01 39 0.0195 NA NA
#> 37 DQA1*01:03 150 0.0750 NA NA
#> 38 DQA1*01:04 52 0.0260 NA NA
#> 39 DQB1*05:02 68 0.0340 NA NA
#> 40 DQB1*06:01 49 0.0245 NA NA
#> 41 DRB1*08:03 18 0.0090 0.000400 0.068000
#> 42 DRB1*14:07 1 0.0005 0.000062 0.001000
#> 43 A*01:01 236 0.1180 0.046700 0.014500
#> 44 B*08:01 128 0.0640 0.037600 0.004600
#> 45 B*15:01 86 0.0430 0.010800 0.030000
#> 46 C*03:03 82 0.0410 0.012900 0.047300
#> 47 C*07:01 243 0.1215 0.117000 0.010100
#> 48 DPB1*03:01 137 0.0685 NA NA
#> 49 DQB1*06:03 113 0.0565 NA NA
#> 50 DQB1*06:04 70 0.0350 NA NA
#> 51 DRB1*13:01 105 0.0525 0.054200 0.007800
#> 52 DRB1*13:02 89 0.0445 0.073000 0.024200
#> 53 DPB1*23:01 15 0.0075 NA NA
#> 54 DQA1*05:01 222 0.1110 NA NA
#> 55 DQB1*02:01 218 0.1090 NA NA
#> 56 DRB1*03:01 215 0.1075 0.069900 0.068100
#> 57 A*03:01 199 0.0995 0.083900 0.014000
#> 58 DPB1*271:01 4 0.0020 NA NA
#> 59 DPB1*57:01 3 0.0015 NA NA
#> 60 DQA1*01:01 192 0.0960 NA NA
#> 61 DQB1*05:01 206 0.1030 NA NA
#> 62 DRB1*01:02 38 0.0190 0.039200 0.000700
#> 63 DPB1*13:01 51 0.0255 NA NA
#> 64 DQA1*03:01 163 0.0815 NA NA
#> 65 DQB1*03:02 169 0.0845 NA NA
#> 66 DRB1*04:01 101 0.0505 0.020200 0.005100
#> 67 A*11:01 114 0.0570 0.014200 0.275200
#> 68 B*27:05 59 0.0295 0.008400 0.003500
#> 69 B*35:01 84 0.0420 0.068900 0.022300
#> 70 C*03:04 86 0.0430 0.056500 0.116500
#> 71 C*04:01 247 0.1235 0.203700 0.043400
#> 72 DQA1*03:03 132 0.0660 NA NA
#> 73 A*23:01 47 0.0235 0.109900 0.002100
#> 74 B*13:02 74 0.0370 0.007800 0.029100
#> 75 DPB1*01:01 74 0.0370 NA NA
#> 76 DRB1*04:03 36 0.0180 0.001700 0.023100
#> 77 A*02:06 22 0.0110 0.000700 0.034900
#> 78 A*31:01 58 0.0290 0.010000 0.024200
#> 79 B*56:01 17 0.0085 0.002300 0.006100
#> 80 DQA1*03:02 31 0.0155 NA NA
#> 81 DQB1*03:03 78 0.0390 NA NA
#> 82 DQB1*03:96 5 0.0025 NA NA
#> 83 DRB1*09:01 32 0.0160 0.029700 0.155400
#> 84 DPB1*10:01 25 0.0125 NA NA
#> 85 DPB1*17:01 49 0.0245 NA NA
#> 86 DRB1*01:01 130 0.0650 0.026500 0.009300
#> 87 B*27:02 9 0.0045 0.000400 0.000070
#> 88 C*02:02 88 0.0440 0.089000 0.003600
#> 89 DRB1*04:04 48 0.0240 0.008200 0.008800
#> 90 DRB1*16:01 39 0.0195 0.002000 0.000400
#> 91 A*02:05 17 0.0085 0.014900 0.001400
#> 92 B*49:01 43 0.0215 0.027900 0.000600
#> 93 B*57:01 81 0.0405 0.007100 0.005100
#> 94 DRB1*04:05 49 0.0245 0.015300 0.061200
#> 95 A*30:02 44 0.0220 0.066700 0.000300
#> 96 B*37:01 25 0.0125 0.005500 0.006000
#> 97 DQB1*04:02 58 0.0290 NA NA
#> 98 A*02:642 1 0.0005 NA NA
#> 99 DPB1*16:01 10 0.0050 NA NA
#> 100 A*68:01 53 0.0265 0.039500 0.004000
#> 101 B*08:156 2 0.0010 NA NA
#> 102 B*42:01 5 0.0025 0.053100 0.000070
#> 103 C*05:01 159 0.0795 0.033600 0.003600
#> 104 DQA1*01:05 25 0.0125 NA NA
#> 105 DRB1*10:01 22 0.0110 0.019200 0.013400
#> 106 A*02:10 3 0.0015 NA 0.001100
#> 107 B*54:01 12 0.0060 0.000030 0.030400
#> 108 C*01:02 100 0.0500 0.007800 0.191500
#> 109 C*08:01 22 0.0110 0.001100 0.104300
#> 110 DQB1*04:01 26 0.0130 NA NA
#> 111 A*29:02 45 0.0225 0.031800 0.001000
#> 112 B*44:03 87 0.0435 0.045900 0.014000
#> 113 C*16:01 49 0.0245 0.096900 0.000200
#> 114 B*44:02 169 0.0845 0.020800 0.003800
#> 115 DRB1*16:15 10 0.0050 NA NA
#> 116 DPB1*02:02 30 0.0150 NA NA
#> 117 A*25:25 1 0.0005 NA NA
#> 118 A*33:03 16 0.0080 0.051800 0.101100
#> 119 B*38:01 53 0.0265 0.002200 0.004100
#> 120 B*40:01 58 0.0290 0.012800 0.153800
#> 121 DPB1*135:01 6 0.0030 NA NA
#> 122 A*24:20 4 0.0020 0.000004 0.001400
#> 123 B*15:212 1 0.0005 NA NA
#> 124 B*40:21 1 0.0005 NA 0.000002
#> 125 DPB1*11:01 40 0.0200 NA NA
#> 126 B*14:01 22 0.0110 0.007900 0.000200
#> 127 C*08:02 72 0.0360 0.034000 0.001200
#> 128 DPA1*03:01 8 0.0040 NA NA
#> 129 DPB1*105:01 14 0.0070 NA NA
#> 130 DQB1*03:19 11 0.0055 NA NA
#> 131 DRB1*11:02 8 0.0040 0.038800 0.000060
#> 132 B*35:02 14 0.0070 0.000800 0.000700
#> 133 DRB1*11:01 137 0.0685 0.085400 0.062600
#> 134 DPB1*06:01 19 0.0095 NA NA
#> 135 DQA1*01:10 2 0.0010 NA NA
#> 136 B*48:01 11 0.0055 0.000500 0.013100
#> 137 C*08:03 9 0.0045 0.000070 0.004000
#> 138 DPA1*02:07 13 0.0065 NA NA
#> 139 DRB1*15:02 37 0.0185 0.002300 0.026600
#> 140 DQA1*04:01 58 0.0290 NA NA
#> 141 DRB1*08:77 7 0.0035 NA NA
#> 142 B*39:01 29 0.0145 0.003200 0.019300
#> 143 DQB1*05:03 48 0.0240 NA NA
#> 144 DRB1*14:54 40 0.0200 NA NA
#> 145 A*32:01 58 0.0290 0.015000 0.006200
#> 146 B*51:01 132 0.0660 0.021700 0.045700
#> 147 B*35:08 15 0.0075 0.000400 0.000500
#> 148 DRB1*13:03 26 0.0130 0.032600 0.000200
#> 149 B*40:02 28 0.0140 0.003300 0.017300
#> 150 DRB1*08:01 32 0.0160 0.003700 0.000200
#> 151 B*53:01 8 0.0040 0.117800 0.000300
#> 152 DPB1*104:01 48 0.0240 NA NA
#> 153 B*45:01 15 0.0075 0.049500 0.002000
#> 154 B*55:01 32 0.0160 0.004000 0.000800
#> 155 DPB1*09:01 20 0.0100 NA NA
#> 156 B*52:01 43 0.0215 0.015400 0.013400
#> 157 C*12:02 43 0.0215 0.001100 0.030700
#> 158 C*14:03 5 0.0025 0.001500 0.004200
#> 159 B*58:01 22 0.0110 0.037800 0.087400
#> 160 C*03:02 13 0.0065 0.018500 0.087400
#> 161 C*07:04 34 0.0170 0.007200 0.006400
#> 162 DQB1*06:09 18 0.0090 NA NA
#> 163 DQA1*04:02 2 0.0010 NA NA
#> 164 B*39:06 10 0.0050 0.001400 0.000095
#> 165 A*03:02 13 0.0065 0.000400 0.000600
#> 166 DRB1*04:07 16 0.0080 0.003900 0.000800
#> 167 B*44:05 5 0.0025 0.000300 0.000045
#> 168 B*35:03 39 0.0195 0.002000 0.007900
#> 169 DRB1*11:03 12 0.0060 0.000700 0.000095
#> 170 DRB1*04:02 20 0.0100 0.000800 0.000500
#> 171 A*03:312 3 0.0015 NA NA
#> 172 B*15:18 3 0.0015 0.001500 0.009300
#> 173 DRB1*08:04 9 0.0045 0.054200 0.000100
#> 174 B*41:02 9 0.0045 0.005600 0.000055
#> 175 C*17:03 10 0.0050 NA NA
#> 176 A*30:01 37 0.0185 0.068500 0.027400
#> 177 A*33:01 20 0.0100 0.020600 0.000500
#> 178 B*41:01 9 0.0045 0.003000 0.000400
#> 179 C*17:01 11 0.0055 0.068100 0.000500
#> 180 A*68:02 21 0.0105 0.060300 0.000100
#> 181 DRB1*08:40 1 0.0005 NA NA
#> 182 B*15:63 1 0.0005 NA 0.000005
#> 183 DRB1*08:02 14 0.0070 0.000900 0.005500
#> 184 B*44:27 10 0.0050 NA NA
#> 185 A*02:07 7 0.0035 0.000017 0.094800
#> 186 C*14:02 29 0.0145 0.016500 0.040600
#> 187 A*11:03 1 0.0005 0.000008 0.000065
#> 188 DQA1*06:01 22 0.0110 NA NA
#> 189 DRB1*12:02 18 0.0090 0.002900 0.115000
#> 190 DPA1*01:04 12 0.0060 NA NA
#> 191 DPB1*15:01 13 0.0065 NA NA
#> 192 DRB1*14:01 7 0.0035 0.018600 0.033300
#> 193 B*14:02 40 0.0200 0.021600 0.001000
#> 194 DRB1*08:11 1 0.0005 0.000800 0.000002
#> 195 B*15:03 8 0.0040 0.064000 0.000700
#> 196 C*02:10 8 0.0040 NA NA
#> 197 B*51:203 1 0.0005 NA NA
#> 198 DQB1*03:22 22 0.0110 NA NA
#> 199 A*26:02 4 0.0020 0.000005 0.000100
#> 200 DRB1*08:06 2 0.0010 0.005400 0.000010
#> 201 A*26:03 2 0.0010 0.000010 0.000100
#> 202 DQA1*05:03 20 0.0100 NA NA
#> 203 DRB1*14:06 6 0.0030 0.000100 0.000200
#> 204 B*15:17 10 0.0050 0.004500 0.000800
#> 205 A*29:01 6 0.0030 0.000300 0.007600
#> 206 C*16:04 4 0.0020 0.000043 0.000200
#> 207 A*11:43 1 0.0005 NA NA
#> 208 A*33:51 1 0.0005 NA NA
#> 209 A*66:01 10 0.0050 0.014100 0.000200
#> 210 B*13:01 5 0.0025 0.000097 0.063500
#> 211 DPB1*38:01 1 0.0005 NA NA
#> 212 DRB1*12:10 2 0.0010 NA NA
#> 213 B*38:02 5 0.0025 0.000073 0.040000
#> 214 B*55:02 8 0.0040 0.000066 0.027600
#> 215 A*74:01 2 0.0010 0.054600 0.001400
#> 216 DPA1*02:06 9 0.0045 NA NA
#> 217 A*03:72 2 0.0010 NA NA
#> 218 A*24:104 2 0.0010 NA NA
#> 219 DRB1*01:03 9 0.0045 0.002600 0.000070
#> 220 A*11:12 1 0.0005 NA 0.000010
#> 221 DRB1*04:06 8 0.0040 0.000200 0.024800
#> 222 B*07:06 5 0.0025 NA NA
#> 223 C*15:05 12 0.0060 0.013000 0.007400
#> 224 B*58:02 5 0.0025 0.042200 0.000035
#> 225 B*08:94 1 0.0005 NA NA
#> 226 B*14:28 1 0.0005 NA NA
#> 227 B*59:01 2 0.0010 0.000007 0.000600
#> 228 C*04:03 3 0.0015 0.000100 0.011200
#> 229 DRB1*14:18 1 0.0005 0.000001 0.001100
#> 230 DPB1*124:01 12 0.0060 NA NA
#> 231 DPB1*414:01 7 0.0035 NA NA
#> 232 C*07:18 10 0.0050 NA NA
#> 233 C*16:02 16 0.0080 0.000200 0.000700
#> 234 DRB1*04:08 7 0.0035 0.000600 0.000300
#> 235 DRB1*14:02 3 0.0015 0.000800 0.000200
#> 236 DQB1*05:04 4 0.0020 NA NA
#> 237 C*01:103 1 0.0005 NA NA
#> 238 DQB1*03:04 7 0.0035 NA NA
#> 239 DPB1*351:01 3 0.0015 NA NA
#> 240 DPB1*463:01 4 0.0020 NA NA
#> 241 DPB1*126:01 7 0.0035 NA NA
#> 242 A*11:88 3 0.0015 NA NA
#> 243 A*24:50 4 0.0020 NA NA
#> 244 B*51:07 4 0.0020 0.000068 0.000800
#> 245 B*27:03 3 0.0015 0.003300 NA
#> 246 B*51:08 6 0.0030 0.000100 0.000100
#> 247 DPB1*113:01 2 0.0010 NA NA
#> 248 DPB1*234:01 1 0.0005 NA NA
#> 249 A*69:01 6 0.0030 0.000200 0.001000
#> 250 B*50:02 1 0.0005 0.000100 0.000005
#> 251 A*01:237 1 0.0005 NA NA
#> 252 A*23:17 1 0.0005 NA NA
#> 253 B*73:01 2 0.0010 0.000200 0.000070
#> 254 C*02:06 1 0.0005 0.000006 NA
#> 255 A*30:04 3 0.0015 0.002200 0.000200
#> 256 C*01:22 1 0.0005 NA NA
#> 257 A*34:02 6 0.0030 0.033500 0.000016
#> 258 A*33:05 2 0.0010 0.000013 NA
#> 259 A*02:763 1 0.0005 NA NA
#> 260 DPB1*41:01 1 0.0005 NA NA
#> 261 C*03:39 3 0.0015 NA 0.000020
#> 262 C*07:578 7 0.0035 NA NA
#> 263 DPB1*19:01 7 0.0035 NA NA
#> 264 A*01:274 4 0.0020 NA NA
#> 265 DQA1*05:09 6 0.0030 NA NA
#> 266 C*07:615 1 0.0005 NA NA
#> 267 A*26:08 3 0.0015 0.000100 0.000003
#> 268 C*03:344 4 0.0020 NA NA
#> 269 A*33:125 1 0.0005 NA NA
#> 270 A*68:04 1 0.0005 0.000001 NA
#> 271 A*02:03 7 0.0035 0.000200 0.077400
#> 272 B*15:02 6 0.0030 0.000300 0.064700
#> 273 DPB1*21:01 4 0.0020 NA NA
#> 274 DRB1*13:12 2 0.0010 0.000006 0.008100
#> 275 B*07:05 5 0.0025 0.008200 0.008300
#> 276 DRB1*13:05 4 0.0020 0.000300 0.000010
#> 277 B*15:25 3 0.0015 0.000100 0.007400
#> 278 C*02:20 1 0.0005 NA NA
#> 279 A*11:306 3 0.0015 NA NA
#> 280 A*33:163 1 0.0005 NA NA
#> 281 DPA1*01:11 1 0.0005 NA NA
#> 282 DPB1*20:01 7 0.0035 NA NA
#> 283 DPB1*350:01 7 0.0035 NA NA
#> 284 DQB1*04:23 3 0.0015 NA NA
#> 285 B*07:14 1 0.0005 0.000007 0.000005
#> 286 C*12:167 1 0.0005 NA NA
#> 287 A*02:22 1 0.0005 0.000079 0.000030
#> 288 DPB1*162:01 5 0.0025 NA NA
#> 289 DPB1*702:01 7 0.0035 NA NA
#> 290 A*03:205 1 0.0005 NA NA
#> 291 A*31:21 1 0.0005 NA NA
#> 292 B*18:07 1 0.0005 0.000001 NA
#> 293 B*13:117 1 0.0005 NA NA
#> 294 DRB1*03:07 1 0.0005 0.000023 NA
#> 295 DRB1*13:27 1 0.0005 0.000020 NA
#> 296 A*11:02 1 0.0005 0.000005 0.026300
#> 297 B*15:39 1 0.0005 0.000018 0.000035
#> 298 A*01:98 1 0.0005 NA NA
#> 299 DPB1*133:01 1 0.0005 NA NA
#> 300 A*29:119 3 0.0015 NA NA
#> 301 DRB1*15:03 4 0.0020 0.116600 0.000025
#> 302 A*25:09 2 0.0010 NA NA
#> 303 B*15:27 1 0.0005 NA 0.011200
#> 304 B*57:02 7 0.0035 0.003800 0.000015
#> 305 A*24:03 2 0.0010 0.000400 0.001400
#> 306 A*11:50Q 1 0.0005 NA NA
#> 307 A*02:60 1 0.0005 0.000500 NA
#> 308 C*06:09 1 0.0005 0.000051 NA
#> 309 A*02:614 1 0.0005 NA NA
#> 310 A*68:164 1 0.0005 NA NA
#> 311 A*32:02 1 0.0005 NA NA
#> 312 B*37:68 1 0.0005 NA NA
#> 313 B*47:01 6 0.0030 0.001000 0.000070
#> 314 B*18:03 1 0.0005 0.000020 0.000005
#> 315 A*02:08 2 0.0010 0.000001 0.000005
#> 316 C*04:277 1 0.0005 NA NA
#> 317 A*32:116 4 0.0020 NA NA
#> 318 B*44:04 1 0.0005 0.000100 0.000005
#> 319 DPA1*01:05 1 0.0005 NA NA
#> 320 B*35:17 1 0.0005 0.000017 0.000010
#> 321 C*03:05 1 0.0005 0.000042 NA
#> 322 DRB1*16:02 5 0.0025 0.013800 0.043500
#> 323 B*27:04 2 0.0010 0.000018 0.019100
#> 324 B*35:60 1 0.0005 NA NA
#> 325 B*56:09 1 0.0005 NA 0.000002
#> 326 DRB1*14:03 2 0.0010 NA 0.002500
#> 327 DPB1*131:01 2 0.0010 NA NA
#> 328 DRB1*08:18 1 0.0005 NA NA
#> 329 A*01:234 1 0.0005 NA NA
#> 330 DPB1*22:01 1 0.0005 NA NA
#> 331 DPB1*36:01 1 0.0005 NA NA
#> 332 A*02:686 1 0.0005 NA NA
#> 333 A*02:02 2 0.0010 0.041400 0.000100
#> 334 B*15:11 3 0.0015 0.000011 0.009100
#> 335 DQA1*05:06 1 0.0005 NA NA
#> 336 C*03:85 1 0.0005 NA NA
#> 337 C*07:696 2 0.0010 NA NA
#> 338 DPB1*462:01 1 0.0005 NA NA
#> 339 B*35:71 1 0.0005 NA NA
#> 340 B*44:37 1 0.0005 NA NA
#> 341 DPB1*88:01 1 0.0005 NA NA
#> 342 B*27:127 2 0.0010 NA NA
#> 343 B*47:04 2 0.0010 NA 0.000005
#> 344 A*03:24 1 0.0005 0.000005 NA
#> 345 A*68:66 1 0.0005 NA NA
#> 346 C*05:37 1 0.0005 NA NA
#> 347 B*15:20 1 0.0005 0.000004 0.000005
#> 348 B*35:43 1 0.0005 0.000092 0.000005
#> 349 DPB1*92:01 1 0.0005 NA NA
#> 350 A*31:08 1 0.0005 NA NA
#> 351 B*67:01 1 0.0005 0.000100 0.004100
#> 352 DQA1*05:08 1 0.0005 NA NA
#> 353 DPB1*519:01 1 0.0005 NA NA
#> 354 B*40:32 1 0.0005 NA NA
#> 355 B*15:10 4 0.0020 0.034600 0.000100
#> 356 DPB1*651:01 4 0.0020 NA NA
#> 357 DPB1*294:01 1 0.0005 NA NA
#> 358 DPB1*398:01 1 0.0005 NA NA
#> 359 B*15:07 2 0.0010 0.000100 0.001600
#> 360 B*57:03 6 0.0030 0.031800 0.000065
#> 361 DRB1*03:02 4 0.0020 0.063100 0.000035
#> 362 DPB1*80:01 1 0.0005 NA NA
#> 363 B*35:194 1 0.0005 NA NA
#> 364 B*42:02 2 0.0010 0.007300 0.000025
#> 365 DRB1*04:10 2 0.0010 0.000100 0.001500
#> 366 DRB1*14:05 2 0.0010 0.000025 0.022800
#> 367 DPB1*744:01 1 0.0005 NA NA
#> 368 B*18:02 1 0.0005 0.000010 0.001500
#> 369 DRB1*16:32 1 0.0005 NA NA
#> 370 B*35:41 1 0.0005 0.000008 NA
#> 371 B*44:270 2 0.0010 NA NA
#> 372 A*02:211 1 0.0005 NA NA
#> 373 A*34:01 1 0.0005 0.000077 0.001100
#> 374 B*27:14 1 0.0005 0.000032 0.000005
#> 375 B*35:42 1 0.0005 NA NA
#> 376 DQA1*01:06 1 0.0005 NA NA
#> 377 DRB1*11:14 1 0.0005 0.000074 NA
#> 378 B*35:09 1 0.0005 NA NA
#> 379 DPB1*45:01 1 0.0005 NA NA
#> 380 B*51:09 1 0.0005 0.000700 0.000018
#> 381 C*15:07 1 0.0005 0.000006 NA
#> 382 DQB1*06:07 1 0.0005 NA NA
#> 383 B*07:47 1 0.0005 NA NA
#> 384 B*44:06 1 0.0005 0.000001 NA
#> 385 DRB1*14:04 3 0.0015 0.000500 0.005100
#> 386 DPB1*150:01 1 0.0005 NA NA
#> 387 DPB1*158:01 1 0.0005 NA NA
#> 388 B*07:10 1 0.0005 0.000022 NA
#> 389 B*51:02 1 0.0005 0.000800 0.012200
#> 390 DQB1*03:251 2 0.0010 NA NA
#> 391 C*01:51 1 0.0005 NA NA
#> 392 B*15:12 1 0.0005 0.000001 0.002800
#> 393 DPB1*547:01 1 0.0005 NA NA
#> 394 DPB1*461:01 1 0.0005 NA NA
#> 395 A*26:16 1 0.0005 NA NA
#> 396 B*15:09 2 0.0010 0.000064 0.000010
#> 397 DRB1*04:13 1 0.0005 NA 0.000005
#> 398 A*68:23 1 0.0005 NA NA
#> 399 B*27:06 1 0.0005 0.000300 0.001000
#> 400 A*24:95 1 0.0005 NA NA
#> 401 C*18:02 3 0.0015 NA NA
#> 402 A*23:18 1 0.0005 NA NA
#> 403 DQB1*02:10 1 0.0005 NA NA
#> 404 DQB1*03:05 3 0.0015 NA NA
#> 405 B*15:220 1 0.0005 NA NA
#> 406 B*39:09 1 0.0005 0.000012 0.000900
#> 407 C*05:05 1 0.0005 0.000003 NA
#> 408 B*15:256 1 0.0005 NA NA
#> 409 DPB1*40:01 1 0.0005 NA NA
#> 410 B*51:173Q 1 0.0005 NA NA
#> 411 C*07:51 2 0.0010 0.000004 NA
#> 412 C*12:132 1 0.0005 NA NA
#> 413 B*51:230 1 0.0005 NA NA
#> 414 DPB1*18:01 1 0.0005 NA NA
#> 415 A*68:17 1 0.0005 0.000011 0.000002
#> 416 A*02:753 1 0.0005 NA NA
#> 417 DPB1*51:01 1 0.0005 NA NA
#> 418 DRB1*16:42 1 0.0005 NA NA
#> 419 A*01:43 1 0.0005 NA NA
#> 420 C*12:28 1 0.0005 NA NA
#> 421 B*40:49 1 0.0005 NA NA
#> 422 B*44:55 1 0.0005 NA NA
#> 423 DQA1*05:07 1 0.0005 NA NA
#> 424 C*07:204 1 0.0005 NA NA
#> 425 B*35:67 1 0.0005 NA NA
#> 426 DRB1*04:92 1 0.0005 NA NA
#> 427 A*01:02 2 0.0010 0.004200 NA
#> 428 B*07:22 1 0.0005 0.000002 NA
#> 429 B*56:03 1 0.0005 0.000004 0.001800
#> 430 DPB1*33:01 1 0.0005 NA NA
#> 431 B*40:117 1 0.0005 NA 0.000005
#> 432 DPB1*138:01 1 0.0005 NA NA
#> 433 B*40:353 1 0.0005 NA NA
#> 434 B*51:05 1 0.0005 0.000014 NA
#> 435 DPB1*259:01 1 0.0005 NA NA
#> 436 B*39:05 1 0.0005 0.000200 0.002000
#> 437 DPB1*47:01 1 0.0005 NA NA
#> 438 A*68:16 1 0.0005 NA NA
#> 439 A*24:07 2 0.0010 0.000500 0.004500
#> 440 B*35:05 2 0.0010 0.000400 0.005400
#> 441 DPA1*04:01 1 0.0005 NA NA
#> 442 DPB1*107:01 1 0.0005 NA NA
#> 443 B*07:04 1 0.0005 0.000008 0.000005
#> 444 B*15:15 1 0.0005 NA 0.000015
#> 445 C*03:06 1 0.0005 0.000004 NA
#> 446 DQB1*05:107 1 0.0005 NA NA
#> 447 C*15:09 1 0.0005 0.000004 NA
#> USA NMDP European Caucasian USA NMDP Hispanic South or Central American
#> 1 0.0210000 0.010100
#> 2 0.0309000 0.029500
#> 3 0.1306000 0.058400
#> 4 0.0443000 0.041100
#> 5 0.1413000 0.121400
#> 6 0.0486000 0.041500
#> 7 NA NA
#> 8 NA NA
#> 9 NA NA
#> 10 NA NA
#> 11 NA NA
#> 12 NA 0.192700
#> 13 NA 0.074800
#> 14 NA NA
#> 15 0.0164000 0.010900
#> 16 0.1346000 0.059200
#> 17 0.2755000 0.209500
#> 18 NA NA
#> 19 0.0105000 0.015000
#> 20 0.0932000 0.061400
#> 21 NA NA
#> 22 NA NA
#> 23 NA NA
#> 24 NA NA
#> 25 0.1342000 0.109000
#> 26 0.0295000 0.028000
#> 27 0.0846000 0.131600
#> 28 NA NA
#> 29 0.0003000 0.001300
#> 30 0.0000752 0.000200
#> 31 0.0000063 NA
#> 32 0.0223000 0.039300
#> 33 NA NA
#> 34 NA NA
#> 35 NA NA
#> 36 NA NA
#> 37 NA NA
#> 38 NA NA
#> 39 NA 0.014000
#> 40 NA 0.011200
#> 41 0.0024000 0.001800
#> 42 0.0002000 0.000200
#> 43 0.1646000 0.072600
#> 44 0.1144000 0.039000
#> 45 0.0606000 0.027100
#> 46 0.0534000 0.029800
#> 47 0.1600000 0.102000
#> 48 NA NA
#> 49 NA 0.049200
#> 50 NA 0.030300
#> 51 0.0563000 0.047800
#> 52 0.0488000 0.042100
#> 53 NA NA
#> 54 NA NA
#> 55 NA 0.178000
#> 56 0.1216000 0.069500
#> 57 0.1399000 0.073800
#> 58 NA NA
#> 59 NA NA
#> 60 NA NA
#> 61 NA 0.112200
#> 62 0.0138000 0.035800
#> 63 NA NA
#> 64 NA NA
#> 65 NA 0.194400
#> 66 0.0878000 0.015000
#> 67 0.0609000 0.045600
#> 68 0.0373000 0.016000
#> 69 0.0560000 0.071300
#> 70 0.0749000 0.060200
#> 71 0.1059000 0.175600
#> 72 NA NA
#> 73 0.0197000 0.036800
#> 74 0.0239000 0.012800
#> 75 NA NA
#> 76 0.0079000 0.017400
#> 77 0.0018000 0.019800
#> 78 0.0270000 0.043900
#> 79 0.0064000 0.003400
#> 80 NA NA
#> 81 NA 0.021600
#> 82 NA NA
#> 83 0.0103000 0.017600
#> 84 NA NA
#> 85 NA NA
#> 86 0.0860000 0.044400
#> 87 0.0039000 0.001900
#> 88 0.0435000 0.036700
#> 89 0.0388000 0.042100
#> 90 0.0143000 0.010500
#> 91 0.0097000 0.014800
#> 92 0.0158000 0.025700
#> 93 0.0365000 0.015200
#> 94 0.0067000 0.024300
#> 95 0.0090000 0.027300
#> 96 0.0144000 0.007500
#> 97 NA 0.090300
#> 98 NA NA
#> 99 NA NA
#> 100 0.0319000 0.048000
#> 101 NA NA
#> 102 0.0003000 0.006800
#> 103 0.0939000 0.057900
#> 104 NA NA
#> 105 0.0085000 0.018100
#> 106 NA NA
#> 107 0.0000382 0.000092
#> 108 0.0341000 0.054400
#> 109 0.0004000 0.014900
#> 110 NA NA
#> 111 0.0353000 0.044100
#> 112 0.0467000 0.055200
#> 113 0.0338000 0.050300
#> 114 0.0952000 0.040300
#> 115 NA NA
#> 116 NA NA
#> 117 NA NA
#> 118 0.0032000 0.008200
#> 119 0.0209000 0.019900
#> 120 0.0528000 0.014400
#> 121 NA NA
#> 122 0.0000004 NA
#> 123 NA NA
#> 124 NA NA
#> 125 NA NA
#> 126 0.0102000 0.008900
#> 127 0.0385000 0.052600
#> 128 NA NA
#> 129 NA NA
#> 130 NA NA
#> 131 0.0028000 0.011300
#> 132 0.0102000 0.012900
#> 133 0.0556000 0.044300
#> 134 NA NA
#> 135 NA NA
#> 136 0.0007000 0.014200
#> 137 0.0004000 0.003300
#> 138 NA NA
#> 139 0.0072000 0.011100
#> 140 NA NA
#> 141 NA NA
#> 142 0.0112000 0.007300
#> 143 NA 0.019600
#> 144 NA NA
#> 145 0.0355000 0.026100
#> 146 0.0473000 0.060500
#> 147 0.0043000 0.006000
#> 148 0.0109000 0.013300
#> 149 0.0126000 0.047800
#> 150 0.0232000 0.012000
#> 151 0.0034000 0.019500
#> 152 NA NA
#> 153 0.0059000 0.017100
#> 154 0.0186000 0.009100
#> 155 NA NA
#> 156 0.0089000 0.020500
#> 157 0.0087000 0.011600
#> 158 0.0000629 0.000200
#> 159 0.0073000 0.014200
#> 160 0.0022000 0.004900
#> 161 0.0154000 0.005500
#> 162 NA 0.009300
#> 163 NA NA
#> 164 0.0064000 0.014600
#> 165 0.0024000 0.002500
#> 166 0.0112000 0.074800
#> 167 0.0029000 0.001300
#> 168 0.0162000 0.014700
#> 169 0.0061000 0.003400
#> 170 0.0106000 0.014300
#> 171 NA NA
#> 172 0.0026000 0.002100
#> 173 0.0020000 0.009400
#> 174 0.0050000 0.005200
#> 175 NA NA
#> 176 0.0130000 0.019900
#> 177 0.0081000 0.021800
#> 178 0.0043000 0.010100
#> 179 0.0088000 0.020000
#> 180 0.0084000 0.024800
#> 181 NA NA
#> 182 0.0000020 0.000027
#> 183 0.0008000 0.055600
#> 184 NA NA
#> 185 0.0000392 0.000055
#> 186 0.0127000 0.015400
#> 187 NA 0.000007
#> 188 NA NA
#> 189 0.0002000 0.000800
#> 190 NA NA
#> 191 NA NA
#> 192 0.0261000 0.019000
#> 193 0.0286000 0.044100
#> 194 0.0001000 0.000007
#> 195 0.0014000 0.012900
#> 196 NA NA
#> 197 NA NA
#> 198 NA NA
#> 199 0.0000068 0.000024
#> 200 0.0002000 0.000800
#> 201 0.0000036 0.000034
#> 202 NA NA
#> 203 0.0002000 0.017300
#> 204 0.0036000 0.006800
#> 205 0.0027000 0.002100
#> 206 0.0006000 0.000300
#> 207 NA NA
#> 208 NA NA
#> 209 0.0041000 0.006400
#> 210 0.0000961 0.000200
#> 211 NA NA
#> 212 NA NA
#> 213 0.0000378 0.000200
#> 214 0.0000342 0.000089
#> 215 0.0004000 0.007300
#> 216 NA NA
#> 217 NA NA
#> 218 NA NA
#> 219 0.0123000 0.007900
#> 220 0.0000080 0.000007
#> 221 0.0004000 0.001300
#> 222 NA NA
#> 223 0.0035000 0.006100
#> 224 0.0001000 0.003700
#> 225 NA NA
#> 226 NA NA
#> 227 0.0000028 0.000003
#> 228 0.0000748 0.000300
#> 229 0.0000004 NA
#> 230 NA NA
#> 231 NA NA
#> 232 NA NA
#> 233 0.0027000 0.003900
#> 234 0.0039000 0.001600
#> 235 0.0003000 0.025600
#> 236 NA 0.000300
#> 237 NA NA
#> 238 NA 0.001400
#> 239 NA NA
#> 240 NA NA
#> 241 NA NA
#> 242 NA NA
#> 243 NA NA
#> 244 0.0005000 0.000900
#> 245 0.0000680 0.000500
#> 246 0.0012000 0.001800
#> 247 NA NA
#> 248 NA NA
#> 249 0.0014000 0.002800
#> 250 0.0004000 0.002000
#> 251 NA NA
#> 252 NA NA
#> 253 0.0004000 0.000700
#> 254 0.0000140 NA
#> 255 0.0015000 0.002500
#> 256 NA 0.000005
#> 257 0.0009000 0.004600
#> 258 0.0000986 0.000020
#> 259 NA NA
#> 260 NA NA
#> 261 NA NA
#> 262 NA NA
#> 263 NA NA
#> 264 NA NA
#> 265 NA NA
#> 266 NA NA
#> 267 0.0010000 0.000900
#> 268 NA NA
#> 269 NA NA
#> 270 NA 0.000003
#> 271 0.0000193 0.000200
#> 272 0.0000410 0.000300
#> 273 NA NA
#> 274 0.0000008 0.000055
#> 275 0.0030000 0.005200
#> 276 0.0025000 0.003600
#> 277 0.0000072 0.000092
#> 278 NA NA
#> 279 NA NA
#> 280 NA NA
#> 281 NA NA
#> 282 NA NA
#> 283 NA NA
#> 284 NA NA
#> 285 0.0000286 0.000092
#> 286 NA NA
#> 287 0.0000640 0.005600
#> 288 NA NA
#> 289 NA NA
#> 290 NA NA
#> 291 NA NA
#> 292 0.0000141 0.000002
#> 293 NA NA
#> 294 0.0000072 0.000034
#> 295 0.0000020 NA
#> 296 0.0000056 0.000014
#> 297 0.0000929 0.000700
#> 298 NA NA
#> 299 NA NA
#> 300 NA NA
#> 301 0.0005000 0.013700
#> 302 NA NA
#> 303 0.0000036 0.000003
#> 304 0.0003000 0.000700
#> 305 0.0019000 0.004900
#> 306 NA NA
#> 307 0.0000012 0.000017
#> 308 NA 0.000007
#> 309 NA NA
#> 310 NA NA
#> 311 0.0000028 0.000007
#> 312 NA NA
#> 313 0.0027000 0.001800
#> 314 0.0001000 0.000031
#> 315 0.0000121 0.000007
#> 316 NA NA
#> 317 NA NA
#> 318 0.0006000 0.000300
#> 319 NA NA
#> 320 0.0000595 0.005100
#> 321 0.0000211 0.019700
#> 322 0.0015000 0.022000
#> 323 0.0000064 0.000027
#> 324 NA NA
#> 325 NA NA
#> 326 0.0000221 0.000007
#> 327 NA NA
#> 328 0.0000024 0.000024
#> 329 NA NA
#> 330 NA NA
#> 331 NA NA
#> 332 NA NA
#> 333 0.0009000 0.007600
#> 334 0.0000084 0.000017
#> 335 NA NA
#> 336 NA NA
#> 337 NA NA
#> 338 NA NA
#> 339 NA NA
#> 340 0.0000004 NA
#> 341 NA NA
#> 342 NA NA
#> 343 NA NA
#> 344 NA NA
#> 345 NA NA
#> 346 NA NA
#> 347 0.0000004 0.000200
#> 348 0.0000394 0.018500
#> 349 NA NA
#> 350 0.0000101 NA
#> 351 0.0000652 0.000100
#> 352 NA NA
#> 353 NA NA
#> 354 0.0000097 NA
#> 355 0.0004000 0.005500
#> 356 NA NA
#> 357 NA NA
#> 358 NA NA
#> 359 0.0006000 0.000400
#> 360 0.0007000 0.006200
#> 361 0.0003000 0.010300
#> 362 NA NA
#> 363 NA NA
#> 364 0.0001000 0.001900
#> 365 0.0000591 0.003500
#> 366 0.0000294 0.000051
#> 367 NA NA
#> 368 0.0000016 0.000010
#> 369 NA NA
#> 370 0.0000616 0.000003
#> 371 NA NA
#> 372 NA 0.000007
#> 373 0.0000398 0.000200
#> 374 0.0000909 0.000003
#> 375 NA NA
#> 376 NA NA
#> 377 0.0000893 0.000100
#> 378 0.0000012 0.000400
#> 379 NA NA
#> 380 0.0005000 0.000200
#> 381 0.0000034 0.000013
#> 382 NA NA
#> 383 NA NA
#> 384 0.0000398 0.000041
#> 385 0.0007000 0.000800
#> 386 NA NA
#> 387 NA NA
#> 388 0.0000616 0.000007
#> 389 0.0000696 0.002400
#> 390 NA NA
#> 391 0.0000012 NA
#> 392 0.0000008 0.000010
#> 393 NA NA
#> 394 NA NA
#> 395 0.0000002 0.000002
#> 396 0.0002000 0.000700
#> 397 0.0000153 0.000003
#> 398 0.0000008 0.000017
#> 399 0.0000056 0.000089
#> 400 0.0000004 0.000007
#> 401 NA NA
#> 402 NA NA
#> 403 NA NA
#> 404 NA 0.000200
#> 405 NA NA
#> 406 0.0000125 0.002100
#> 407 0.0000167 NA
#> 408 NA NA
#> 409 NA NA
#> 410 NA NA
#> 411 0.0000012 NA
#> 412 NA NA
#> 413 NA NA
#> 414 NA NA
#> 415 0.0000012 0.000100
#> 416 NA NA
#> 417 NA NA
#> 418 NA NA
#> 419 NA NA
#> 420 NA NA
#> 421 NA NA
#> 422 0.0000004 NA
#> 423 NA NA
#> 424 NA NA
#> 425 NA NA
#> 426 NA NA
#> 427 0.0001000 0.001400
#> 428 0.0000052 NA
#> 429 0.0000012 0.000003
#> 430 NA NA
#> 431 NA NA
#> 432 NA NA
#> 433 NA NA
#> 434 0.0002000 0.000051
#> 435 NA NA
#> 436 0.0001000 0.023300
#> 437 NA NA
#> 438 NA 0.000037
#> 439 0.0000690 0.000300
#> 440 0.0000378 0.005600
#> 441 NA NA
#> 442 NA NA
#> 443 0.0003000 0.000017
#> 444 0.0000125 0.004300
#> 445 0.0000143 0.002600
#> 446 NA NA
#> 447 0.0000133 0.001900
#> USA NMDP Japanese USA NMDP North American Amerindian
#> 1 0.00070 0.01480
#> 2 0.07980 0.01990
#> 3 0.05880 0.10050
#> 4 0.00210 0.03230
#> 5 0.12180 0.15100
#> 6 0.00190 0.02650
#> 7 NA NA
#> 8 NA NA
#> 9 NA NA
#> 10 NA NA
#> 11 NA NA
#> 12 NA NA
#> 13 NA NA
#> 14 NA NA
#> 15 0.03750 0.01330
#> 16 0.08670 0.10410
#> 17 0.14800 0.27760
#> 18 NA NA
#> 19 0.00050 0.00790
#> 20 0.01050 0.06970
#> 21 NA NA
#> 22 NA NA
#> 23 NA NA
#> 24 NA NA
#> 25 0.00940 0.10060
#> 26 0.00120 0.01630
#> 27 0.35300 0.12920
#> 28 NA NA
#> 29 0.04450 0.00060
#> 30 0.04100 0.00010
#> 31 NA NA
#> 32 0.01960 0.04350
#> 33 NA NA
#> 34 NA NA
#> 35 NA NA
#> 36 NA NA
#> 37 NA NA
#> 38 NA NA
#> 39 NA NA
#> 40 NA NA
#> 41 0.07440 0.00170
#> 42 0.00090 0.00020
#> 43 0.01000 0.12020
#> 44 0.00510 0.08220
#> 45 0.07690 0.06160
#> 46 0.14850 0.04170
#> 47 0.00730 0.11720
#> 48 NA NA
#> 49 NA NA
#> 50 NA NA
#> 51 0.00760 0.04270
#> 52 0.05750 0.03790
#> 53 NA NA
#> 54 NA NA
#> 55 NA NA
#> 56 0.00680 0.08970
#> 57 0.00900 0.10440
#> 58 NA NA
#> 59 NA NA
#> 60 NA NA
#> 61 NA NA
#> 62 0.00060 0.00950
#> 63 NA NA
#> 64 NA NA
#> 65 NA NA
#> 66 0.01150 0.06580
#> 67 0.08740 0.04880
#> 68 0.00230 0.05450
#> 69 0.08690 0.09790
#> 70 0.12690 0.10160
#> 71 0.04040 0.13120
#> 72 NA NA
#> 73 0.00110 0.01810
#> 74 0.00370 0.01640
#> 75 NA NA
#> 76 0.02440 0.01130
#> 77 0.07480 0.02750
#> 78 0.08490 0.07370
#> 79 0.00930 0.00440
#> 80 NA NA
#> 81 NA NA
#> 82 NA NA
#> 83 0.13870 0.02720
#> 84 NA NA
#> 85 NA NA
#> 86 0.05840 0.07030
#> 87 0.00020 0.00280
#> 88 0.00150 0.05540
#> 89 0.00320 0.05120
#> 90 0.00030 0.00840
#> 91 0.00060 0.00720
#> 92 0.00050 0.01450
#> 93 0.00130 0.02680
#> 94 0.14720 0.00980
#> 95 0.00060 0.01160
#> 96 0.00480 0.01080
#> 97 NA NA
#> 98 NA NA
#> 99 NA NA
#> 100 0.00170 0.03810
#> 101 NA NA
#> 102 0.00006 0.00170
#> 103 0.00720 0.07610
#> 104 NA NA
#> 105 0.00400 0.00690
#> 106 NA NA
#> 107 NA NA
#> 108 0.17320 0.04920
#> 109 0.06820 0.02220
#> 110 NA NA
#> 111 0.00180 0.02740
#> 112 0.06050 0.03780
#> 113 0.00160 0.02810
#> 114 0.00750 0.07440
#> 115 NA NA
#> 116 NA NA
#> 117 NA NA
#> 118 0.06480 0.00390
#> 119 0.00100 0.01020
#> 120 0.06030 0.05180
#> 121 NA NA
#> 122 NA NA
#> 123 NA NA
#> 124 NA NA
#> 125 NA NA
#> 126 0.00070 0.00790
#> 127 0.00190 0.02860
#> 128 NA NA
#> 129 NA NA
#> 130 NA NA
#> 131 0.00010 0.00440
#> 132 0.00040 0.00450
#> 133 0.02580 0.04350
#> 134 NA NA
#> 135 NA NA
#> 136 0.02710 0.01820
#> 137 0.01290 0.00440
#> 138 NA NA
#> 139 0.09670 0.00450
#> 140 NA NA
#> 141 NA NA
#> 142 0.03030 0.03390
#> 143 NA NA
#> 144 NA NA
#> 145 0.00170 0.02540
#> 146 0.08900 0.06780
#> 147 0.00010 0.00150
#> 148 0.00050 0.00930
#> 149 0.07660 0.03100
#> 150 0.00080 0.01560
#> 151 0.00030 0.00730
#> 152 NA NA
#> 153 0.00040 0.00630
#> 154 0.00100 0.01430
#> 155 NA NA
#> 156 0.09900 0.00660
#> 157 0.10000 0.00480
#> 158 0.05760 0.00010
#> 159 0.00760 0.00700
#> 160 0.00760 0.00230
#> 161 0.00940 0.01160
#> 162 NA NA
#> 163 NA NA
#> 164 0.00020 0.01760
#> 165 0.00100 0.00150
#> 166 0.00640 0.04860
#> 167 0.00010 0.00140
#> 168 0.00050 0.00950
#> 169 0.00010 0.00330
#> 170 0.00050 0.00380
#> 171 NA NA
#> 172 0.01540 0.00250
#> 173 0.00020 0.03070
#> 174 0.00010 0.00310
#> 175 NA NA
#> 176 0.00190 0.01090
#> 177 0.00020 0.00660
#> 178 0.00040 0.00280
#> 179 0.00070 0.00820
#> 180 0.00030 0.00790
#> 181 NA NA
#> 182 0.00004 0.00040
#> 183 0.04340 0.01580
#> 184 NA NA
#> 185 0.02000 0.00003
#> 186 0.07810 0.01350
#> 187 NA 0.00001
#> 188 NA NA
#> 189 0.01710 0.00030
#> 190 NA NA
#> 191 NA NA
#> 192 0.03010 0.02750
#> 193 0.00120 0.02040
#> 194 NA 0.00700
#> 195 0.00010 0.00320
#> 196 NA NA
#> 197 NA NA
#> 198 NA NA
#> 199 NA NA
#> 200 NA 0.00020
#> 201 0.02330 0.00001
#> 202 NA NA
#> 203 0.01420 0.00290
#> 204 0.00020 0.00220
#> 205 0.00030 0.00170
#> 206 NA 0.00020
#> 207 NA NA
#> 208 NA NA
#> 209 0.00010 0.00320
#> 210 0.01110 0.00020
#> 211 NA NA
#> 212 NA NA
#> 213 0.00330 0.00030
#> 214 0.02720 0.00004
#> 215 0.00010 0.00230
#> 216 NA NA
#> 217 NA NA
#> 218 NA NA
#> 219 0.00070 0.01000
#> 220 NA NA
#> 221 0.02480 0.00020
#> 222 NA NA
#> 223 0.00050 0.00200
#> 224 NA 0.00180
#> 225 NA NA
#> 226 NA NA
#> 227 0.02240 0.00004
#> 228 0.00030 0.00030
#> 229 NA NA
#> 230 NA NA
#> 231 NA NA
#> 232 NA NA
#> 233 0.00010 0.00100
#> 234 0.00006 0.00250
#> 235 0.00020 0.06350
#> 236 NA NA
#> 237 NA NA
#> 238 NA NA
#> 239 NA NA
#> 240 NA NA
#> 241 NA NA
#> 242 NA NA
#> 243 NA NA
#> 244 0.00010 0.00030
#> 245 NA NA
#> 246 0.00002 0.00070
#> 247 NA NA
#> 248 NA NA
#> 249 0.00008 0.00070
#> 250 0.00008 0.00040
#> 251 NA NA
#> 252 NA NA
#> 253 NA 0.00008
#> 254 NA 0.00010
#> 255 0.00030 0.00110
#> 256 NA NA
#> 257 NA 0.00190
#> 258 NA 0.00001
#> 259 NA NA
#> 260 NA NA
#> 261 NA NA
#> 262 NA NA
#> 263 NA NA
#> 264 NA NA
#> 265 NA NA
#> 266 NA NA
#> 267 NA 0.00090
#> 268 NA NA
#> 269 NA NA
#> 270 NA NA
#> 271 0.00140 0.00003
#> 272 0.00060 0.00020
#> 273 NA NA
#> 274 NA NA
#> 275 0.00070 0.00210
#> 276 0.00004 0.00090
#> 277 0.00020 0.00006
#> 278 NA NA
#> 279 NA NA
#> 280 NA NA
#> 281 NA NA
#> 282 NA NA
#> 283 NA NA
#> 284 NA NA
#> 285 NA NA
#> 286 NA NA
#> 287 NA 0.00008
#> 288 NA NA
#> 289 NA NA
#> 290 NA NA
#> 291 NA NA
#> 292 NA NA
#> 293 NA NA
#> 294 NA NA
#> 295 NA NA
#> 296 NA NA
#> 297 NA 0.00010
#> 298 NA NA
#> 299 NA NA
#> 300 NA NA
#> 301 0.00006 0.00270
#> 302 NA NA
#> 303 0.00100 0.00003
#> 304 0.00002 0.00020
#> 305 0.00010 0.00480
#> 306 NA NA
#> 307 NA NA
#> 308 NA 0.00004
#> 309 NA NA
#> 310 NA NA
#> 311 NA NA
#> 312 NA NA
#> 313 0.00006 0.00180
#> 314 NA 0.00002
#> 315 NA NA
#> 316 NA NA
#> 317 NA NA
#> 318 0.00002 0.00040
#> 319 NA NA
#> 320 0.00001 0.00030
#> 321 NA 0.00005
#> 322 0.00670 0.02910
#> 323 0.00200 0.00010
#> 324 NA NA
#> 325 NA NA
#> 326 NA NA
#> 327 NA NA
#> 328 NA NA
#> 329 NA NA
#> 330 NA NA
#> 331 NA NA
#> 332 NA NA
#> 333 0.00004 0.00140
#> 334 NA NA
#> 335 NA NA
#> 336 NA NA
#> 337 NA NA
#> 338 NA NA
#> 339 NA NA
#> 340 NA NA
#> 341 NA NA
#> 342 NA NA
#> 343 NA NA
#> 344 NA NA
#> 345 NA NA
#> 346 NA NA
#> 347 NA NA
#> 348 NA 0.00020
#> 349 NA NA
#> 350 NA NA
#> 351 0.00910 0.00010
#> 352 NA NA
#> 353 NA NA
#> 354 NA NA
#> 355 0.00020 0.00130
#> 356 NA NA
#> 357 NA NA
#> 358 NA NA
#> 359 0.00470 0.00690
#> 360 0.00002 0.00100
#> 361 0.00008 0.00210
#> 362 NA NA
#> 363 NA NA
#> 364 NA 0.00020
#> 365 0.01820 0.00160
#> 366 0.02420 0.00002
#> 367 NA NA
#> 368 NA 0.00001
#> 369 NA NA
#> 370 NA 0.00001
#> 371 NA NA
#> 372 NA 0.00001
#> 373 0.00060 0.00020
#> 374 NA 0.00040
#> 375 NA NA
#> 376 NA NA
#> 377 NA 0.00007
#> 378 NA NA
#> 379 NA NA
#> 380 0.00007 0.00130
#> 381 NA NA
#> 382 NA NA
#> 383 NA NA
#> 384 NA NA
#> 385 0.00020 0.00120
#> 386 NA NA
#> 387 NA NA
#> 388 NA NA
#> 389 0.00260 0.00760
#> 390 NA NA
#> 391 NA NA
#> 392 NA NA
#> 393 NA NA
#> 394 NA NA
#> 395 NA NA
#> 396 0.00002 0.00010
#> 397 NA NA
#> 398 NA NA
#> 399 0.00006 0.00001
#> 400 NA NA
#> 401 NA NA
#> 402 NA NA
#> 403 NA NA
#> 404 NA NA
#> 405 NA NA
#> 406 0.00004 0.00006
#> 407 NA NA
#> 408 NA NA
#> 409 NA NA
#> 410 NA NA
#> 411 NA NA
#> 412 NA NA
#> 413 NA NA
#> 414 NA NA
#> 415 NA NA
#> 416 NA NA
#> 417 NA NA
#> 418 NA NA
#> 419 NA NA
#> 420 NA NA
#> 421 NA NA
#> 422 NA NA
#> 423 NA NA
#> 424 NA NA
#> 425 NA NA
#> 426 NA NA
#> 427 NA 0.00020
#> 428 NA NA
#> 429 NA NA
#> 430 NA NA
#> 431 NA NA
#> 432 NA NA
#> 433 NA NA
#> 434 0.00002 0.00004
#> 435 NA NA
#> 436 0.00008 0.00090
#> 437 NA NA
#> 438 NA NA
#> 439 0.00070 0.00010
#> 440 0.00050 0.00010
#> 441 NA NA
#> 442 NA NA
#> 443 0.00002 0.00010
#> 444 0.00008 0.00006
#> 445 NA 0.00010
#> 446 NA NA
#> 447 NA 0.00020
#> USA NMDP South Asian Indian
#> 1 0.000100
#> 2 0.041800
#> 3 0.044000
#> 4 0.025200
#> 5 0.107800
#> 6 0.049100
#> 7 NA
#> 8 NA
#> 9 NA
#> 10 NA
#> 11 NA
#> 12 NA
#> 13 NA
#> 14 NA
#> 15 0.006000
#> 16 0.090200
#> 17 0.049200
#> 18 NA
#> 19 0.017200
#> 20 0.139100
#> 21 NA
#> 22 NA
#> 23 NA
#> 24 NA
#> 25 0.169500
#> 26 0.019700
#> 27 0.136200
#> 28 0.000038
#> 29 0.091400
#> 30 0.001000
#> 31 0.000034
#> 32 0.107700
#> 33 NA
#> 34 NA
#> 35 NA
#> 36 NA
#> 37 NA
#> 38 NA
#> 39 NA
#> 40 NA
#> 41 0.007100
#> 42 0.001500
#> 43 0.154500
#> 44 0.036600
#> 45 0.016100
#> 46 0.015200
#> 47 0.103900
#> 48 NA
#> 49 NA
#> 50 NA
#> 51 0.067300
#> 52 0.033700
#> 53 NA
#> 54 NA
#> 55 NA
#> 56 0.074600
#> 57 0.063600
#> 58 NA
#> 59 NA
#> 60 NA
#> 61 NA
#> 62 0.001300
#> 63 NA
#> 64 NA
#> 65 NA
#> 66 0.009000
#> 67 0.139600
#> 68 0.008300
#> 69 0.062200
#> 70 0.016200
#> 71 0.136400
#> 72 NA
#> 73 0.006600
#> 74 0.018400
#> 75 NA
#> 76 0.052700
#> 77 0.017500
#> 78 0.033100
#> 79 0.006100
#> 80 NA
#> 81 NA
#> 82 NA
#> 83 0.009400
#> 84 NA
#> 85 NA
#> 86 0.032100
#> 87 0.000800
#> 88 0.009300
#> 89 0.020100
#> 90 0.000600
#> 91 0.010000
#> 92 0.006100
#> 93 0.067600
#> 94 0.007500
#> 95 0.002400
#> 96 0.034100
#> 97 NA
#> 98 NA
#> 99 NA
#> 100 0.067600
#> 101 NA
#> 102 0.000100
#> 103 0.008400
#> 104 NA
#> 105 0.062800
#> 106 0.000026
#> 107 0.000300
#> 108 0.035100
#> 109 0.028300
#> 110 NA
#> 111 0.001300
#> 112 0.074000
#> 113 0.000700
#> 114 0.008200
#> 115 NA
#> 116 NA
#> 117 NA
#> 118 0.099200
#> 119 0.002800
#> 120 0.022100
#> 121 NA
#> 122 0.000043
#> 123 NA
#> 124 NA
#> 125 NA
#> 126 0.000200
#> 127 0.001900
#> 128 NA
#> 129 NA
#> 130 NA
#> 131 0.000070
#> 132 0.007300
#> 133 0.059800
#> 134 NA
#> 135 NA
#> 136 0.003700
#> 137 0.001800
#> 138 NA
#> 139 0.107300
#> 140 NA
#> 141 NA
#> 142 0.005500
#> 143 NA
#> 144 NA
#> 145 0.038600
#> 146 0.074700
#> 147 0.002000
#> 148 0.001300
#> 149 0.003000
#> 150 0.003200
#> 151 0.001300
#> 152 NA
#> 153 0.000900
#> 154 0.020300
#> 155 NA
#> 156 0.074500
#> 157 0.081300
#> 158 0.000077
#> 159 0.042000
#> 160 0.041900
#> 161 0.015500
#> 162 NA
#> 163 NA
#> 164 0.001100
#> 165 0.008600
#> 166 0.001300
#> 167 0.000040
#> 168 0.072000
#> 169 0.000200
#> 170 0.006400
#> 171 NA
#> 172 0.013500
#> 173 0.000800
#> 174 0.000600
#> 175 NA
#> 176 0.017300
#> 177 0.001200
#> 178 0.003500
#> 179 0.003900
#> 180 0.000300
#> 181 NA
#> 182 NA
#> 183 0.005100
#> 184 NA
#> 185 0.000600
#> 186 0.033600
#> 187 0.000400
#> 188 NA
#> 189 0.029900
#> 190 NA
#> 191 NA
#> 192 0.011300
#> 193 0.001700
#> 194 NA
#> 195 0.000200
#> 196 NA
#> 197 NA
#> 198 NA
#> 199 0.000025
#> 200 NA
#> 201 0.000014
#> 202 NA
#> 203 0.000500
#> 204 0.014300
#> 205 0.013200
#> 206 0.000300
#> 207 NA
#> 208 NA
#> 209 0.000300
#> 210 0.013600
#> 211 NA
#> 212 NA
#> 213 0.006900
#> 214 0.000500
#> 215 0.001500
#> 216 NA
#> 217 NA
#> 218 NA
#> 219 0.000049
#> 220 0.000003
#> 221 0.001500
#> 222 NA
#> 223 0.011500
#> 224 0.000057
#> 225 NA
#> 226 NA
#> 227 0.000019
#> 228 0.013800
#> 229 0.000011
#> 230 NA
#> 231 NA
#> 232 NA
#> 233 0.027900
#> 234 0.002300
#> 235 0.000400
#> 236 NA
#> 237 NA
#> 238 NA
#> 239 NA
#> 240 NA
#> 241 NA
#> 242 NA
#> 243 NA
#> 244 0.001400
#> 245 0.000019
#> 246 0.000900
#> 247 NA
#> 248 NA
#> 249 0.000600
#> 250 0.000008
#> 251 NA
#> 252 NA
#> 253 0.000200
#> 254 NA
#> 255 0.000200
#> 256 NA
#> 257 0.000040
#> 258 NA
#> 259 NA
#> 260 NA
#> 261 NA
#> 262 NA
#> 263 NA
#> 264 NA
#> 265 NA
#> 266 NA
#> 267 NA
#> 268 NA
#> 269 NA
#> 270 0.000003
#> 271 0.011000
#> 272 0.025600
#> 273 NA
#> 274 0.000097
#> 275 0.025000
#> 276 0.000032
#> 277 0.005100
#> 278 NA
#> 279 NA
#> 280 NA
#> 281 NA
#> 282 NA
#> 283 NA
#> 284 NA
#> 285 NA
#> 286 NA
#> 287 0.000013
#> 288 NA
#> 289 NA
#> 290 NA
#> 291 NA
#> 292 0.000001
#> 293 NA
#> 294 0.000003
#> 295 0.000005
#> 296 0.000100
#> 297 0.000032
#> 298 NA
#> 299 NA
#> 300 NA
#> 301 0.000200
#> 302 NA
#> 303 0.000024
#> 304 0.000024
#> 305 0.006000
#> 306 NA
#> 307 NA
#> 308 NA
#> 309 NA
#> 310 NA
#> 311 0.000003
#> 312 NA
#> 313 0.000600
#> 314 NA
#> 315 0.000200
#> 316 NA
#> 317 NA
#> 318 0.000001
#> 319 NA
#> 320 0.000008
#> 321 NA
#> 322 0.006700
#> 323 0.002000
#> 324 NA
#> 325 NA
#> 326 0.000089
#> 327 NA
#> 328 0.000011
#> 329 NA
#> 330 NA
#> 331 NA
#> 332 NA
#> 333 0.000200
#> 334 0.000064
#> 335 NA
#> 336 NA
#> 337 NA
#> 338 NA
#> 339 NA
#> 340 0.000005
#> 341 NA
#> 342 NA
#> 343 NA
#> 344 NA
#> 345 NA
#> 346 NA
#> 347 NA
#> 348 0.000011
#> 349 NA
#> 350 NA
#> 351 0.000040
#> 352 NA
#> 353 NA
#> 354 NA
#> 355 0.000200
#> 356 NA
#> 357 NA
#> 358 NA
#> 359 0.000051
#> 360 0.000200
#> 361 0.000086
#> 362 NA
#> 363 NA
#> 364 0.000016
#> 365 0.001500
#> 366 0.000900
#> 367 NA
#> 368 0.000086
#> 369 NA
#> 370 NA
#> 371 NA
#> 372 NA
#> 373 0.000100
#> 374 NA
#> 375 NA
#> 376 NA
#> 377 0.000005
#> 378 0.000001
#> 379 NA
#> 380 0.000046
#> 381 0.000200
#> 382 NA
#> 383 NA
#> 384 0.000300
#> 385 0.071300
#> 386 NA
#> 387 NA
#> 388 0.000003
#> 389 0.000200
#> 390 NA
#> 391 NA
#> 392 0.000076
#> 393 NA
#> 394 NA
#> 395 NA
#> 396 0.000200
#> 397 0.000200
#> 398 NA
#> 399 0.000093
#> 400 NA
#> 401 NA
#> 402 NA
#> 403 NA
#> 404 NA
#> 405 NA
#> 406 0.000200
#> 407 NA
#> 408 NA
#> 409 NA
#> 410 NA
#> 411 0.000006
#> 412 NA
#> 413 NA
#> 414 NA
#> 415 NA
#> 416 NA
#> 417 NA
#> 418 NA
#> 419 0.000008
#> 420 NA
#> 421 NA
#> 422 NA
#> 423 NA
#> 424 NA
#> 425 NA
#> 426 NA
#> 427 0.000005
#> 428 NA
#> 429 0.000016
#> 430 NA
#> 431 NA
#> 432 NA
#> 433 NA
#> 434 0.000011
#> 435 NA
#> 436 0.000019
#> 437 NA
#> 438 0.000001
#> 439 0.011200
#> 440 0.000600
#> 441 NA
#> 442 NA
#> 443 NA
#> 444 0.000003
#> 445 NA
#> 446 NA
#> 447 0.000010
# using customized set of reference populations
getFrequencies(
object = MiDAS_tut_object,
experiment = "hla_alleles",
compare = TRUE,
ref_pop = list(
hla_alleles = c("USA NMDP Chinese", "USA NMDP European Caucasian")
),
ref = list(hla_alleles = allele_frequencies)
)
#> term Counts Freq USA NMDP Chinese USA NMDP European Caucasian
#> 1 A*25:01 52 0.0260 0.000200 0.0210000
#> 2 A*26:01 90 0.0450 0.023700 0.0309000
#> 3 B*07:02 152 0.0760 0.007900 0.1306000
#> 4 B*18:01 129 0.0645 0.002600 0.0443000
#> 5 C*07:02 219 0.1095 0.194400 0.1413000
#> 6 C*12:03 142 0.0710 0.017600 0.0486000
#> 7 DPA1*01:03 1522 0.7610 NA NA
#> 8 DPB1*02:01 304 0.1520 NA NA
#> 9 DPB1*04:01 685 0.3425 NA NA
#> 10 DQA1*01:02 358 0.1790 NA NA
#> 11 DQA1*05:05 305 0.1525 NA NA
#> 12 DQB1*03:01 403 0.2015 NA NA
#> 13 DQB1*06:02 215 0.1075 NA NA
#> 14 DRA*01:02 711 0.3555 NA NA
#> 15 DRB1*12:01 38 0.0190 0.034200 0.0164000
#> 16 DRB1*15:01 228 0.1140 0.101200 0.1346000
#> 17 A*02:01 486 0.2430 0.094600 0.2755000
#> 18 A*02:324 1 0.0005 NA NA
#> 19 B*50:01 31 0.0155 0.002700 0.0105000
#> 20 C*06:02 195 0.0975 0.044700 0.0932000
#> 21 DPB1*04:02 202 0.1010 NA NA
#> 22 DQA1*02:01 256 0.1280 NA NA
#> 23 DQB1*02:02 201 0.1005 NA NA
#> 24 DRA*01:01 1289 0.6445 NA NA
#> 25 DRB1*07:01 249 0.1245 0.053100 0.1342000
#> 26 DRB1*11:04 93 0.0465 0.002500 0.0295000
#> 27 A*24:02 228 0.1140 0.151900 0.0846000
#> 28 A*24:04 1 0.0005 0.000100 NA
#> 29 B*40:06 17 0.0085 0.017200 0.0003000
#> 30 B*46:01 11 0.0055 0.134300 0.0000752
#> 31 C*01:03 2 0.0010 0.001400 0.0000063
#> 32 C*15:02 47 0.0235 0.025600 0.0223000
#> 33 DPA1*02:01 308 0.1540 NA NA
#> 34 DPA1*02:02 125 0.0625 NA NA
#> 35 DPB1*05:01 107 0.0535 NA NA
#> 36 DPB1*14:01 39 0.0195 NA NA
#> 37 DQA1*01:03 150 0.0750 NA NA
#> 38 DQA1*01:04 52 0.0260 NA NA
#> 39 DQB1*05:02 68 0.0340 NA NA
#> 40 DQB1*06:01 49 0.0245 NA NA
#> 41 DRB1*08:03 18 0.0090 0.068000 0.0024000
#> 42 DRB1*14:07 1 0.0005 0.001000 0.0002000
#> 43 A*01:01 236 0.1180 0.014500 0.1646000
#> 44 B*08:01 128 0.0640 0.004600 0.1144000
#> 45 B*15:01 86 0.0430 0.030000 0.0606000
#> 46 C*03:03 82 0.0410 0.047300 0.0534000
#> 47 C*07:01 243 0.1215 0.010100 0.1600000
#> 48 DPB1*03:01 137 0.0685 NA NA
#> 49 DQB1*06:03 113 0.0565 NA NA
#> 50 DQB1*06:04 70 0.0350 NA NA
#> 51 DRB1*13:01 105 0.0525 0.007800 0.0563000
#> 52 DRB1*13:02 89 0.0445 0.024200 0.0488000
#> 53 DPB1*23:01 15 0.0075 NA NA
#> 54 DQA1*05:01 222 0.1110 NA NA
#> 55 DQB1*02:01 218 0.1090 NA NA
#> 56 DRB1*03:01 215 0.1075 0.068100 0.1216000
#> 57 A*03:01 199 0.0995 0.014000 0.1399000
#> 58 DPB1*271:01 4 0.0020 NA NA
#> 59 DPB1*57:01 3 0.0015 NA NA
#> 60 DQA1*01:01 192 0.0960 NA NA
#> 61 DQB1*05:01 206 0.1030 NA NA
#> 62 DRB1*01:02 38 0.0190 0.000700 0.0138000
#> 63 DPB1*13:01 51 0.0255 NA NA
#> 64 DQA1*03:01 163 0.0815 NA NA
#> 65 DQB1*03:02 169 0.0845 NA NA
#> 66 DRB1*04:01 101 0.0505 0.005100 0.0878000
#> 67 A*11:01 114 0.0570 0.275200 0.0609000
#> 68 B*27:05 59 0.0295 0.003500 0.0373000
#> 69 B*35:01 84 0.0420 0.022300 0.0560000
#> 70 C*03:04 86 0.0430 0.116500 0.0749000
#> 71 C*04:01 247 0.1235 0.043400 0.1059000
#> 72 DQA1*03:03 132 0.0660 NA NA
#> 73 A*23:01 47 0.0235 0.002100 0.0197000
#> 74 B*13:02 74 0.0370 0.029100 0.0239000
#> 75 DPB1*01:01 74 0.0370 NA NA
#> 76 DRB1*04:03 36 0.0180 0.023100 0.0079000
#> 77 A*02:06 22 0.0110 0.034900 0.0018000
#> 78 A*31:01 58 0.0290 0.024200 0.0270000
#> 79 B*56:01 17 0.0085 0.006100 0.0064000
#> 80 DQA1*03:02 31 0.0155 NA NA
#> 81 DQB1*03:03 78 0.0390 NA NA
#> 82 DQB1*03:96 5 0.0025 NA NA
#> 83 DRB1*09:01 32 0.0160 0.155400 0.0103000
#> 84 DPB1*10:01 25 0.0125 NA NA
#> 85 DPB1*17:01 49 0.0245 NA NA
#> 86 DRB1*01:01 130 0.0650 0.009300 0.0860000
#> 87 B*27:02 9 0.0045 0.000070 0.0039000
#> 88 C*02:02 88 0.0440 0.003600 0.0435000
#> 89 DRB1*04:04 48 0.0240 0.008800 0.0388000
#> 90 DRB1*16:01 39 0.0195 0.000400 0.0143000
#> 91 A*02:05 17 0.0085 0.001400 0.0097000
#> 92 B*49:01 43 0.0215 0.000600 0.0158000
#> 93 B*57:01 81 0.0405 0.005100 0.0365000
#> 94 DRB1*04:05 49 0.0245 0.061200 0.0067000
#> 95 A*30:02 44 0.0220 0.000300 0.0090000
#> 96 B*37:01 25 0.0125 0.006000 0.0144000
#> 97 DQB1*04:02 58 0.0290 NA NA
#> 98 A*02:642 1 0.0005 NA NA
#> 99 DPB1*16:01 10 0.0050 NA NA
#> 100 A*68:01 53 0.0265 0.004000 0.0319000
#> 101 B*08:156 2 0.0010 NA NA
#> 102 B*42:01 5 0.0025 0.000070 0.0003000
#> 103 C*05:01 159 0.0795 0.003600 0.0939000
#> 104 DQA1*01:05 25 0.0125 NA NA
#> 105 DRB1*10:01 22 0.0110 0.013400 0.0085000
#> 106 A*02:10 3 0.0015 0.001100 NA
#> 107 B*54:01 12 0.0060 0.030400 0.0000382
#> 108 C*01:02 100 0.0500 0.191500 0.0341000
#> 109 C*08:01 22 0.0110 0.104300 0.0004000
#> 110 DQB1*04:01 26 0.0130 NA NA
#> 111 A*29:02 45 0.0225 0.001000 0.0353000
#> 112 B*44:03 87 0.0435 0.014000 0.0467000
#> 113 C*16:01 49 0.0245 0.000200 0.0338000
#> 114 B*44:02 169 0.0845 0.003800 0.0952000
#> 115 DRB1*16:15 10 0.0050 NA NA
#> 116 DPB1*02:02 30 0.0150 NA NA
#> 117 A*25:25 1 0.0005 NA NA
#> 118 A*33:03 16 0.0080 0.101100 0.0032000
#> 119 B*38:01 53 0.0265 0.004100 0.0209000
#> 120 B*40:01 58 0.0290 0.153800 0.0528000
#> 121 DPB1*135:01 6 0.0030 NA NA
#> 122 A*24:20 4 0.0020 0.001400 0.0000004
#> 123 B*15:212 1 0.0005 NA NA
#> 124 B*40:21 1 0.0005 0.000002 NA
#> 125 DPB1*11:01 40 0.0200 NA NA
#> 126 B*14:01 22 0.0110 0.000200 0.0102000
#> 127 C*08:02 72 0.0360 0.001200 0.0385000
#> 128 DPA1*03:01 8 0.0040 NA NA
#> 129 DPB1*105:01 14 0.0070 NA NA
#> 130 DQB1*03:19 11 0.0055 NA NA
#> 131 DRB1*11:02 8 0.0040 0.000060 0.0028000
#> 132 B*35:02 14 0.0070 0.000700 0.0102000
#> 133 DRB1*11:01 137 0.0685 0.062600 0.0556000
#> 134 DPB1*06:01 19 0.0095 NA NA
#> 135 DQA1*01:10 2 0.0010 NA NA
#> 136 B*48:01 11 0.0055 0.013100 0.0007000
#> 137 C*08:03 9 0.0045 0.004000 0.0004000
#> 138 DPA1*02:07 13 0.0065 NA NA
#> 139 DRB1*15:02 37 0.0185 0.026600 0.0072000
#> 140 DQA1*04:01 58 0.0290 NA NA
#> 141 DRB1*08:77 7 0.0035 NA NA
#> 142 B*39:01 29 0.0145 0.019300 0.0112000
#> 143 DQB1*05:03 48 0.0240 NA NA
#> 144 DRB1*14:54 40 0.0200 NA NA
#> 145 A*32:01 58 0.0290 0.006200 0.0355000
#> 146 B*51:01 132 0.0660 0.045700 0.0473000
#> 147 B*35:08 15 0.0075 0.000500 0.0043000
#> 148 DRB1*13:03 26 0.0130 0.000200 0.0109000
#> 149 B*40:02 28 0.0140 0.017300 0.0126000
#> 150 DRB1*08:01 32 0.0160 0.000200 0.0232000
#> 151 B*53:01 8 0.0040 0.000300 0.0034000
#> 152 DPB1*104:01 48 0.0240 NA NA
#> 153 B*45:01 15 0.0075 0.002000 0.0059000
#> 154 B*55:01 32 0.0160 0.000800 0.0186000
#> 155 DPB1*09:01 20 0.0100 NA NA
#> 156 B*52:01 43 0.0215 0.013400 0.0089000
#> 157 C*12:02 43 0.0215 0.030700 0.0087000
#> 158 C*14:03 5 0.0025 0.004200 0.0000629
#> 159 B*58:01 22 0.0110 0.087400 0.0073000
#> 160 C*03:02 13 0.0065 0.087400 0.0022000
#> 161 C*07:04 34 0.0170 0.006400 0.0154000
#> 162 DQB1*06:09 18 0.0090 NA NA
#> 163 DQA1*04:02 2 0.0010 NA NA
#> 164 B*39:06 10 0.0050 0.000095 0.0064000
#> 165 A*03:02 13 0.0065 0.000600 0.0024000
#> 166 DRB1*04:07 16 0.0080 0.000800 0.0112000
#> 167 B*44:05 5 0.0025 0.000045 0.0029000
#> 168 B*35:03 39 0.0195 0.007900 0.0162000
#> 169 DRB1*11:03 12 0.0060 0.000095 0.0061000
#> 170 DRB1*04:02 20 0.0100 0.000500 0.0106000
#> 171 A*03:312 3 0.0015 NA NA
#> 172 B*15:18 3 0.0015 0.009300 0.0026000
#> 173 DRB1*08:04 9 0.0045 0.000100 0.0020000
#> 174 B*41:02 9 0.0045 0.000055 0.0050000
#> 175 C*17:03 10 0.0050 NA NA
#> 176 A*30:01 37 0.0185 0.027400 0.0130000
#> 177 A*33:01 20 0.0100 0.000500 0.0081000
#> 178 B*41:01 9 0.0045 0.000400 0.0043000
#> 179 C*17:01 11 0.0055 0.000500 0.0088000
#> 180 A*68:02 21 0.0105 0.000100 0.0084000
#> 181 DRB1*08:40 1 0.0005 NA NA
#> 182 B*15:63 1 0.0005 0.000005 0.0000020
#> 183 DRB1*08:02 14 0.0070 0.005500 0.0008000
#> 184 B*44:27 10 0.0050 NA NA
#> 185 A*02:07 7 0.0035 0.094800 0.0000392
#> 186 C*14:02 29 0.0145 0.040600 0.0127000
#> 187 A*11:03 1 0.0005 0.000065 NA
#> 188 DQA1*06:01 22 0.0110 NA NA
#> 189 DRB1*12:02 18 0.0090 0.115000 0.0002000
#> 190 DPA1*01:04 12 0.0060 NA NA
#> 191 DPB1*15:01 13 0.0065 NA NA
#> 192 DRB1*14:01 7 0.0035 0.033300 0.0261000
#> 193 B*14:02 40 0.0200 0.001000 0.0286000
#> 194 DRB1*08:11 1 0.0005 0.000002 0.0001000
#> 195 B*15:03 8 0.0040 0.000700 0.0014000
#> 196 C*02:10 8 0.0040 NA NA
#> 197 B*51:203 1 0.0005 NA NA
#> 198 DQB1*03:22 22 0.0110 NA NA
#> 199 A*26:02 4 0.0020 0.000100 0.0000068
#> 200 DRB1*08:06 2 0.0010 0.000010 0.0002000
#> 201 A*26:03 2 0.0010 0.000100 0.0000036
#> 202 DQA1*05:03 20 0.0100 NA NA
#> 203 DRB1*14:06 6 0.0030 0.000200 0.0002000
#> 204 B*15:17 10 0.0050 0.000800 0.0036000
#> 205 A*29:01 6 0.0030 0.007600 0.0027000
#> 206 C*16:04 4 0.0020 0.000200 0.0006000
#> 207 A*11:43 1 0.0005 NA NA
#> 208 A*33:51 1 0.0005 NA NA
#> 209 A*66:01 10 0.0050 0.000200 0.0041000
#> 210 B*13:01 5 0.0025 0.063500 0.0000961
#> 211 DPB1*38:01 1 0.0005 NA NA
#> 212 DRB1*12:10 2 0.0010 NA NA
#> 213 B*38:02 5 0.0025 0.040000 0.0000378
#> 214 B*55:02 8 0.0040 0.027600 0.0000342
#> 215 A*74:01 2 0.0010 0.001400 0.0004000
#> 216 DPA1*02:06 9 0.0045 NA NA
#> 217 A*03:72 2 0.0010 NA NA
#> 218 A*24:104 2 0.0010 NA NA
#> 219 DRB1*01:03 9 0.0045 0.000070 0.0123000
#> 220 A*11:12 1 0.0005 0.000010 0.0000080
#> 221 DRB1*04:06 8 0.0040 0.024800 0.0004000
#> 222 B*07:06 5 0.0025 NA NA
#> 223 C*15:05 12 0.0060 0.007400 0.0035000
#> 224 B*58:02 5 0.0025 0.000035 0.0001000
#> 225 B*08:94 1 0.0005 NA NA
#> 226 B*14:28 1 0.0005 NA NA
#> 227 B*59:01 2 0.0010 0.000600 0.0000028
#> 228 C*04:03 3 0.0015 0.011200 0.0000748
#> 229 DRB1*14:18 1 0.0005 0.001100 0.0000004
#> 230 DPB1*124:01 12 0.0060 NA NA
#> 231 DPB1*414:01 7 0.0035 NA NA
#> 232 C*07:18 10 0.0050 NA NA
#> 233 C*16:02 16 0.0080 0.000700 0.0027000
#> 234 DRB1*04:08 7 0.0035 0.000300 0.0039000
#> 235 DRB1*14:02 3 0.0015 0.000200 0.0003000
#> 236 DQB1*05:04 4 0.0020 NA NA
#> 237 C*01:103 1 0.0005 NA NA
#> 238 DQB1*03:04 7 0.0035 NA NA
#> 239 DPB1*351:01 3 0.0015 NA NA
#> 240 DPB1*463:01 4 0.0020 NA NA
#> 241 DPB1*126:01 7 0.0035 NA NA
#> 242 A*11:88 3 0.0015 NA NA
#> 243 A*24:50 4 0.0020 NA NA
#> 244 B*51:07 4 0.0020 0.000800 0.0005000
#> 245 B*27:03 3 0.0015 NA 0.0000680
#> 246 B*51:08 6 0.0030 0.000100 0.0012000
#> 247 DPB1*113:01 2 0.0010 NA NA
#> 248 DPB1*234:01 1 0.0005 NA NA
#> 249 A*69:01 6 0.0030 0.001000 0.0014000
#> 250 B*50:02 1 0.0005 0.000005 0.0004000
#> 251 A*01:237 1 0.0005 NA NA
#> 252 A*23:17 1 0.0005 NA NA
#> 253 B*73:01 2 0.0010 0.000070 0.0004000
#> 254 C*02:06 1 0.0005 NA 0.0000140
#> 255 A*30:04 3 0.0015 0.000200 0.0015000
#> 256 C*01:22 1 0.0005 NA NA
#> 257 A*34:02 6 0.0030 0.000016 0.0009000
#> 258 A*33:05 2 0.0010 NA 0.0000986
#> 259 A*02:763 1 0.0005 NA NA
#> 260 DPB1*41:01 1 0.0005 NA NA
#> 261 C*03:39 3 0.0015 0.000020 NA
#> 262 C*07:578 7 0.0035 NA NA
#> 263 DPB1*19:01 7 0.0035 NA NA
#> 264 A*01:274 4 0.0020 NA NA
#> 265 DQA1*05:09 6 0.0030 NA NA
#> 266 C*07:615 1 0.0005 NA NA
#> 267 A*26:08 3 0.0015 0.000003 0.0010000
#> 268 C*03:344 4 0.0020 NA NA
#> 269 A*33:125 1 0.0005 NA NA
#> 270 A*68:04 1 0.0005 NA NA
#> 271 A*02:03 7 0.0035 0.077400 0.0000193
#> 272 B*15:02 6 0.0030 0.064700 0.0000410
#> 273 DPB1*21:01 4 0.0020 NA NA
#> 274 DRB1*13:12 2 0.0010 0.008100 0.0000008
#> 275 B*07:05 5 0.0025 0.008300 0.0030000
#> 276 DRB1*13:05 4 0.0020 0.000010 0.0025000
#> 277 B*15:25 3 0.0015 0.007400 0.0000072
#> 278 C*02:20 1 0.0005 NA NA
#> 279 A*11:306 3 0.0015 NA NA
#> 280 A*33:163 1 0.0005 NA NA
#> 281 DPA1*01:11 1 0.0005 NA NA
#> 282 DPB1*20:01 7 0.0035 NA NA
#> 283 DPB1*350:01 7 0.0035 NA NA
#> 284 DQB1*04:23 3 0.0015 NA NA
#> 285 B*07:14 1 0.0005 0.000005 0.0000286
#> 286 C*12:167 1 0.0005 NA NA
#> 287 A*02:22 1 0.0005 0.000030 0.0000640
#> 288 DPB1*162:01 5 0.0025 NA NA
#> 289 DPB1*702:01 7 0.0035 NA NA
#> 290 A*03:205 1 0.0005 NA NA
#> 291 A*31:21 1 0.0005 NA NA
#> 292 B*18:07 1 0.0005 NA 0.0000141
#> 293 B*13:117 1 0.0005 NA NA
#> 294 DRB1*03:07 1 0.0005 NA 0.0000072
#> 295 DRB1*13:27 1 0.0005 NA 0.0000020
#> 296 A*11:02 1 0.0005 0.026300 0.0000056
#> 297 B*15:39 1 0.0005 0.000035 0.0000929
#> 298 A*01:98 1 0.0005 NA NA
#> 299 DPB1*133:01 1 0.0005 NA NA
#> 300 A*29:119 3 0.0015 NA NA
#> 301 DRB1*15:03 4 0.0020 0.000025 0.0005000
#> 302 A*25:09 2 0.0010 NA NA
#> 303 B*15:27 1 0.0005 0.011200 0.0000036
#> 304 B*57:02 7 0.0035 0.000015 0.0003000
#> 305 A*24:03 2 0.0010 0.001400 0.0019000
#> 306 A*11:50Q 1 0.0005 NA NA
#> 307 A*02:60 1 0.0005 NA 0.0000012
#> 308 C*06:09 1 0.0005 NA NA
#> 309 A*02:614 1 0.0005 NA NA
#> 310 A*68:164 1 0.0005 NA NA
#> 311 A*32:02 1 0.0005 NA 0.0000028
#> 312 B*37:68 1 0.0005 NA NA
#> 313 B*47:01 6 0.0030 0.000070 0.0027000
#> 314 B*18:03 1 0.0005 0.000005 0.0001000
#> 315 A*02:08 2 0.0010 0.000005 0.0000121
#> 316 C*04:277 1 0.0005 NA NA
#> 317 A*32:116 4 0.0020 NA NA
#> 318 B*44:04 1 0.0005 0.000005 0.0006000
#> 319 DPA1*01:05 1 0.0005 NA NA
#> 320 B*35:17 1 0.0005 0.000010 0.0000595
#> 321 C*03:05 1 0.0005 NA 0.0000211
#> 322 DRB1*16:02 5 0.0025 0.043500 0.0015000
#> 323 B*27:04 2 0.0010 0.019100 0.0000064
#> 324 B*35:60 1 0.0005 NA NA
#> 325 B*56:09 1 0.0005 0.000002 NA
#> 326 DRB1*14:03 2 0.0010 0.002500 0.0000221
#> 327 DPB1*131:01 2 0.0010 NA NA
#> 328 DRB1*08:18 1 0.0005 NA 0.0000024
#> 329 A*01:234 1 0.0005 NA NA
#> 330 DPB1*22:01 1 0.0005 NA NA
#> 331 DPB1*36:01 1 0.0005 NA NA
#> 332 A*02:686 1 0.0005 NA NA
#> 333 A*02:02 2 0.0010 0.000100 0.0009000
#> 334 B*15:11 3 0.0015 0.009100 0.0000084
#> 335 DQA1*05:06 1 0.0005 NA NA
#> 336 C*03:85 1 0.0005 NA NA
#> 337 C*07:696 2 0.0010 NA NA
#> 338 DPB1*462:01 1 0.0005 NA NA
#> 339 B*35:71 1 0.0005 NA NA
#> 340 B*44:37 1 0.0005 NA 0.0000004
#> 341 DPB1*88:01 1 0.0005 NA NA
#> 342 B*27:127 2 0.0010 NA NA
#> 343 B*47:04 2 0.0010 0.000005 NA
#> 344 A*03:24 1 0.0005 NA NA
#> 345 A*68:66 1 0.0005 NA NA
#> 346 C*05:37 1 0.0005 NA NA
#> 347 B*15:20 1 0.0005 0.000005 0.0000004
#> 348 B*35:43 1 0.0005 0.000005 0.0000394
#> 349 DPB1*92:01 1 0.0005 NA NA
#> 350 A*31:08 1 0.0005 NA 0.0000101
#> 351 B*67:01 1 0.0005 0.004100 0.0000652
#> 352 DQA1*05:08 1 0.0005 NA NA
#> 353 DPB1*519:01 1 0.0005 NA NA
#> 354 B*40:32 1 0.0005 NA 0.0000097
#> 355 B*15:10 4 0.0020 0.000100 0.0004000
#> 356 DPB1*651:01 4 0.0020 NA NA
#> 357 DPB1*294:01 1 0.0005 NA NA
#> 358 DPB1*398:01 1 0.0005 NA NA
#> 359 B*15:07 2 0.0010 0.001600 0.0006000
#> 360 B*57:03 6 0.0030 0.000065 0.0007000
#> 361 DRB1*03:02 4 0.0020 0.000035 0.0003000
#> 362 DPB1*80:01 1 0.0005 NA NA
#> 363 B*35:194 1 0.0005 NA NA
#> 364 B*42:02 2 0.0010 0.000025 0.0001000
#> 365 DRB1*04:10 2 0.0010 0.001500 0.0000591
#> 366 DRB1*14:05 2 0.0010 0.022800 0.0000294
#> 367 DPB1*744:01 1 0.0005 NA NA
#> 368 B*18:02 1 0.0005 0.001500 0.0000016
#> 369 DRB1*16:32 1 0.0005 NA NA
#> 370 B*35:41 1 0.0005 NA 0.0000616
#> 371 B*44:270 2 0.0010 NA NA
#> 372 A*02:211 1 0.0005 NA NA
#> 373 A*34:01 1 0.0005 0.001100 0.0000398
#> 374 B*27:14 1 0.0005 0.000005 0.0000909
#> 375 B*35:42 1 0.0005 NA NA
#> 376 DQA1*01:06 1 0.0005 NA NA
#> 377 DRB1*11:14 1 0.0005 NA 0.0000893
#> 378 B*35:09 1 0.0005 NA 0.0000012
#> 379 DPB1*45:01 1 0.0005 NA NA
#> 380 B*51:09 1 0.0005 0.000018 0.0005000
#> 381 C*15:07 1 0.0005 NA 0.0000034
#> 382 DQB1*06:07 1 0.0005 NA NA
#> 383 B*07:47 1 0.0005 NA NA
#> 384 B*44:06 1 0.0005 NA 0.0000398
#> 385 DRB1*14:04 3 0.0015 0.005100 0.0007000
#> 386 DPB1*150:01 1 0.0005 NA NA
#> 387 DPB1*158:01 1 0.0005 NA NA
#> 388 B*07:10 1 0.0005 NA 0.0000616
#> 389 B*51:02 1 0.0005 0.012200 0.0000696
#> 390 DQB1*03:251 2 0.0010 NA NA
#> 391 C*01:51 1 0.0005 NA 0.0000012
#> 392 B*15:12 1 0.0005 0.002800 0.0000008
#> 393 DPB1*547:01 1 0.0005 NA NA
#> 394 DPB1*461:01 1 0.0005 NA NA
#> 395 A*26:16 1 0.0005 NA 0.0000002
#> 396 B*15:09 2 0.0010 0.000010 0.0002000
#> 397 DRB1*04:13 1 0.0005 0.000005 0.0000153
#> 398 A*68:23 1 0.0005 NA 0.0000008
#> 399 B*27:06 1 0.0005 0.001000 0.0000056
#> 400 A*24:95 1 0.0005 NA 0.0000004
#> 401 C*18:02 3 0.0015 NA NA
#> 402 A*23:18 1 0.0005 NA NA
#> 403 DQB1*02:10 1 0.0005 NA NA
#> 404 DQB1*03:05 3 0.0015 NA NA
#> 405 B*15:220 1 0.0005 NA NA
#> 406 B*39:09 1 0.0005 0.000900 0.0000125
#> 407 C*05:05 1 0.0005 NA 0.0000167
#> 408 B*15:256 1 0.0005 NA NA
#> 409 DPB1*40:01 1 0.0005 NA NA
#> 410 B*51:173Q 1 0.0005 NA NA
#> 411 C*07:51 2 0.0010 NA 0.0000012
#> 412 C*12:132 1 0.0005 NA NA
#> 413 B*51:230 1 0.0005 NA NA
#> 414 DPB1*18:01 1 0.0005 NA NA
#> 415 A*68:17 1 0.0005 0.000002 0.0000012
#> 416 A*02:753 1 0.0005 NA NA
#> 417 DPB1*51:01 1 0.0005 NA NA
#> 418 DRB1*16:42 1 0.0005 NA NA
#> 419 A*01:43 1 0.0005 NA NA
#> 420 C*12:28 1 0.0005 NA NA
#> 421 B*40:49 1 0.0005 NA NA
#> 422 B*44:55 1 0.0005 NA 0.0000004
#> 423 DQA1*05:07 1 0.0005 NA NA
#> 424 C*07:204 1 0.0005 NA NA
#> 425 B*35:67 1 0.0005 NA NA
#> 426 DRB1*04:92 1 0.0005 NA NA
#> 427 A*01:02 2 0.0010 NA 0.0001000
#> 428 B*07:22 1 0.0005 NA 0.0000052
#> 429 B*56:03 1 0.0005 0.001800 0.0000012
#> 430 DPB1*33:01 1 0.0005 NA NA
#> 431 B*40:117 1 0.0005 0.000005 NA
#> 432 DPB1*138:01 1 0.0005 NA NA
#> 433 B*40:353 1 0.0005 NA NA
#> 434 B*51:05 1 0.0005 NA 0.0002000
#> 435 DPB1*259:01 1 0.0005 NA NA
#> 436 B*39:05 1 0.0005 0.002000 0.0001000
#> 437 DPB1*47:01 1 0.0005 NA NA
#> 438 A*68:16 1 0.0005 NA NA
#> 439 A*24:07 2 0.0010 0.004500 0.0000690
#> 440 B*35:05 2 0.0010 0.005400 0.0000378
#> 441 DPA1*04:01 1 0.0005 NA NA
#> 442 DPB1*107:01 1 0.0005 NA NA
#> 443 B*07:04 1 0.0005 0.000005 0.0003000
#> 444 B*15:15 1 0.0005 0.000015 0.0000125
#> 445 C*03:06 1 0.0005 NA 0.0000143
#> 446 DQB1*05:107 1 0.0005 NA NA
#> 447 C*15:09 1 0.0005 NA 0.0000133