getHlaFrequencies.RdgetHlaFrequencies calculates allele frequencies in HLA calls data
frame.
getHlaFrequencies(
hla_calls,
carrier_frequency = FALSE,
compare = FALSE,
ref_pop = c("USA NMDP African American pop 2", "USA NMDP Chinese",
"USA NMDP European Caucasian", "USA NMDP Hispanic South or Central American",
"USA NMDP Japanese", "USA NMDP North American Amerindian",
"USA NMDP South Asian Indian"),
ref = allele_frequencies
)HLA calls data frame, as returned by
readHlaCalls function.
Logical flag indicating if carrier frequency should be returned.
Logical flag indicating if hla_calls frequencies
should be compared to reference frequencies given in ref.
Character vector giving names of reference populations in
ref to compare with. Optionally vector can be named, then those
names will be used as population names.
Data frame giving reference allele frequencies. See
allele_frequencies for an example.
Data frame with each row holding HLA allele, it's count and frequency.
Both gene copies are taken into consideration for frequencies calculation,
frequency = n / (2 * j) where n is the number of allele
occurrences and j is the number of samples in hla_calls.
getHlaFrequencies(MiDAS_tut_HLA)
#> allele Counts Freq
#> 1 A*01:01 236 0.1180
#> 2 A*01:02 2 0.0010
#> 3 A*01:234 1 0.0005
#> 4 A*01:237 1 0.0005
#> 5 A*01:274 4 0.0020
#> 6 A*01:43 1 0.0005
#> 7 A*01:98 1 0.0005
#> 8 A*02:01 486 0.2430
#> 9 A*02:02 2 0.0010
#> 10 A*02:03 7 0.0035
#> 11 A*02:05 17 0.0085
#> 12 A*02:06 22 0.0110
#> 13 A*02:07 7 0.0035
#> 14 A*02:08 2 0.0010
#> 15 A*02:10 3 0.0015
#> 16 A*02:211 1 0.0005
#> 17 A*02:22 1 0.0005
#> 18 A*02:324 1 0.0005
#> 19 A*02:60 1 0.0005
#> 20 A*02:614 1 0.0005
#> 21 A*02:642 1 0.0005
#> 22 A*02:686 1 0.0005
#> 23 A*02:753 1 0.0005
#> 24 A*02:763 1 0.0005
#> 25 A*03:01 199 0.0995
#> 26 A*03:02 13 0.0065
#> 27 A*03:205 1 0.0005
#> 28 A*03:24 1 0.0005
#> 29 A*03:312 3 0.0015
#> 30 A*03:72 2 0.0010
#> 31 A*11:01 114 0.0570
#> 32 A*11:02 1 0.0005
#> 33 A*11:03 1 0.0005
#> 34 A*11:12 1 0.0005
#> 35 A*11:306 3 0.0015
#> 36 A*11:43 1 0.0005
#> 37 A*11:50Q 1 0.0005
#> 38 A*11:88 3 0.0015
#> 39 A*23:01 47 0.0235
#> 40 A*23:17 1 0.0005
#> 41 A*23:18 1 0.0005
#> 42 A*24:02 228 0.1140
#> 43 A*24:03 2 0.0010
#> 44 A*24:04 1 0.0005
#> 45 A*24:07 2 0.0010
#> 46 A*24:104 2 0.0010
#> 47 A*24:20 4 0.0020
#> 48 A*24:50 4 0.0020
#> 49 A*24:95 1 0.0005
#> 50 A*25:01 52 0.0260
#> 51 A*25:09 2 0.0010
#> 52 A*25:25 1 0.0005
#> 53 A*26:01 90 0.0450
#> 54 A*26:02 4 0.0020
#> 55 A*26:03 2 0.0010
#> 56 A*26:08 3 0.0015
#> 57 A*26:16 1 0.0005
#> 58 A*29:01 6 0.0030
#> 59 A*29:02 45 0.0225
#> 60 A*29:119 3 0.0015
#> 61 A*30:01 37 0.0185
#> 62 A*30:02 44 0.0220
#> 63 A*30:04 3 0.0015
#> 64 A*31:01 58 0.0290
#> 65 A*31:08 1 0.0005
#> 66 A*31:21 1 0.0005
#> 67 A*32:01 58 0.0290
#> 68 A*32:02 1 0.0005
#> 69 A*32:116 4 0.0020
#> 70 A*33:01 20 0.0100
#> 71 A*33:03 16 0.0080
#> 72 A*33:05 2 0.0010
#> 73 A*33:125 1 0.0005
#> 74 A*33:163 1 0.0005
#> 75 A*33:51 1 0.0005
#> 76 A*34:01 1 0.0005
#> 77 A*34:02 6 0.0030
#> 78 A*66:01 10 0.0050
#> 79 A*68:01 53 0.0265
#> 80 A*68:02 21 0.0105
#> 81 A*68:04 1 0.0005
#> 82 A*68:16 1 0.0005
#> 83 A*68:164 1 0.0005
#> 84 A*68:17 1 0.0005
#> 85 A*68:23 1 0.0005
#> 86 A*68:66 1 0.0005
#> 87 A*69:01 6 0.0030
#> 88 A*74:01 2 0.0010
#> 89 B*07:02 152 0.0760
#> 90 B*07:04 1 0.0005
#> 91 B*07:05 5 0.0025
#> 92 B*07:06 5 0.0025
#> 93 B*07:10 1 0.0005
#> 94 B*07:14 1 0.0005
#> 95 B*07:22 1 0.0005
#> 96 B*07:47 1 0.0005
#> 97 B*08:01 128 0.0640
#> 98 B*08:156 2 0.0010
#> 99 B*08:94 1 0.0005
#> 100 B*13:01 5 0.0025
#> 101 B*13:02 74 0.0370
#> 102 B*13:117 1 0.0005
#> 103 B*14:01 22 0.0110
#> 104 B*14:02 40 0.0200
#> 105 B*14:28 1 0.0005
#> 106 B*15:01 86 0.0430
#> 107 B*15:02 6 0.0030
#> 108 B*15:03 8 0.0040
#> 109 B*15:07 2 0.0010
#> 110 B*15:09 2 0.0010
#> 111 B*15:10 4 0.0020
#> 112 B*15:11 3 0.0015
#> 113 B*15:12 1 0.0005
#> 114 B*15:15 1 0.0005
#> 115 B*15:17 10 0.0050
#> 116 B*15:18 3 0.0015
#> 117 B*15:20 1 0.0005
#> 118 B*15:212 1 0.0005
#> 119 B*15:220 1 0.0005
#> 120 B*15:25 3 0.0015
#> 121 B*15:256 1 0.0005
#> 122 B*15:27 1 0.0005
#> 123 B*15:39 1 0.0005
#> 124 B*15:63 1 0.0005
#> 125 B*18:01 129 0.0645
#> 126 B*18:02 1 0.0005
#> 127 B*18:03 1 0.0005
#> 128 B*18:07 1 0.0005
#> 129 B*27:02 9 0.0045
#> 130 B*27:03 3 0.0015
#> 131 B*27:04 2 0.0010
#> 132 B*27:05 59 0.0295
#> 133 B*27:06 1 0.0005
#> 134 B*27:127 2 0.0010
#> 135 B*27:14 1 0.0005
#> 136 B*35:01 84 0.0420
#> 137 B*35:02 14 0.0070
#> 138 B*35:03 39 0.0195
#> 139 B*35:05 2 0.0010
#> 140 B*35:08 15 0.0075
#> 141 B*35:09 1 0.0005
#> 142 B*35:17 1 0.0005
#> 143 B*35:194 1 0.0005
#> 144 B*35:41 1 0.0005
#> 145 B*35:42 1 0.0005
#> 146 B*35:43 1 0.0005
#> 147 B*35:60 1 0.0005
#> 148 B*35:67 1 0.0005
#> 149 B*35:71 1 0.0005
#> 150 B*37:01 25 0.0125
#> 151 B*37:68 1 0.0005
#> 152 B*38:01 53 0.0265
#> 153 B*38:02 5 0.0025
#> 154 B*39:01 29 0.0145
#> 155 B*39:05 1 0.0005
#> 156 B*39:06 10 0.0050
#> 157 B*39:09 1 0.0005
#> 158 B*40:01 58 0.0290
#> 159 B*40:02 28 0.0140
#> 160 B*40:06 17 0.0085
#> 161 B*40:117 1 0.0005
#> 162 B*40:21 1 0.0005
#> 163 B*40:32 1 0.0005
#> 164 B*40:353 1 0.0005
#> 165 B*40:49 1 0.0005
#> 166 B*41:01 9 0.0045
#> 167 B*41:02 9 0.0045
#> 168 B*42:01 5 0.0025
#> 169 B*42:02 2 0.0010
#> 170 B*44:02 169 0.0845
#> 171 B*44:03 87 0.0435
#> 172 B*44:04 1 0.0005
#> 173 B*44:05 5 0.0025
#> 174 B*44:06 1 0.0005
#> 175 B*44:27 10 0.0050
#> 176 B*44:270 2 0.0010
#> 177 B*44:37 1 0.0005
#> 178 B*44:55 1 0.0005
#> 179 B*45:01 15 0.0075
#> 180 B*46:01 11 0.0055
#> 181 B*47:01 6 0.0030
#> 182 B*47:04 2 0.0010
#> 183 B*48:01 11 0.0055
#> 184 B*49:01 43 0.0215
#> 185 B*50:01 31 0.0155
#> 186 B*50:02 1 0.0005
#> 187 B*51:01 132 0.0660
#> 188 B*51:02 1 0.0005
#> 189 B*51:05 1 0.0005
#> 190 B*51:07 4 0.0020
#> 191 B*51:08 6 0.0030
#> 192 B*51:09 1 0.0005
#> 193 B*51:173Q 1 0.0005
#> 194 B*51:203 1 0.0005
#> 195 B*51:230 1 0.0005
#> 196 B*52:01 43 0.0215
#> 197 B*53:01 8 0.0040
#> 198 B*54:01 12 0.0060
#> 199 B*55:01 32 0.0160
#> 200 B*55:02 8 0.0040
#> 201 B*56:01 17 0.0085
#> 202 B*56:03 1 0.0005
#> 203 B*56:09 1 0.0005
#> 204 B*57:01 81 0.0405
#> 205 B*57:02 7 0.0035
#> 206 B*57:03 6 0.0030
#> 207 B*58:01 22 0.0110
#> 208 B*58:02 5 0.0025
#> 209 B*59:01 2 0.0010
#> 210 B*67:01 1 0.0005
#> 211 B*73:01 2 0.0010
#> 212 C*01:02 100 0.0500
#> 213 C*01:03 2 0.0010
#> 214 C*01:103 1 0.0005
#> 215 C*01:22 1 0.0005
#> 216 C*01:51 1 0.0005
#> 217 C*02:02 88 0.0440
#> 218 C*02:06 1 0.0005
#> 219 C*02:10 8 0.0040
#> 220 C*02:20 1 0.0005
#> 221 C*03:02 13 0.0065
#> 222 C*03:03 82 0.0410
#> 223 C*03:04 86 0.0430
#> 224 C*03:05 1 0.0005
#> 225 C*03:06 1 0.0005
#> 226 C*03:344 4 0.0020
#> 227 C*03:39 3 0.0015
#> 228 C*03:85 1 0.0005
#> 229 C*04:01 247 0.1235
#> 230 C*04:03 3 0.0015
#> 231 C*04:277 1 0.0005
#> 232 C*05:01 159 0.0795
#> 233 C*05:05 1 0.0005
#> 234 C*05:37 1 0.0005
#> 235 C*06:02 195 0.0975
#> 236 C*06:09 1 0.0005
#> 237 C*07:01 243 0.1215
#> 238 C*07:02 219 0.1095
#> 239 C*07:04 34 0.0170
#> 240 C*07:18 10 0.0050
#> 241 C*07:204 1 0.0005
#> 242 C*07:51 2 0.0010
#> 243 C*07:578 7 0.0035
#> 244 C*07:615 1 0.0005
#> 245 C*07:696 2 0.0010
#> 246 C*08:01 22 0.0110
#> 247 C*08:02 72 0.0360
#> 248 C*08:03 9 0.0045
#> 249 C*12:02 43 0.0215
#> 250 C*12:03 142 0.0710
#> 251 C*12:132 1 0.0005
#> 252 C*12:167 1 0.0005
#> 253 C*12:28 1 0.0005
#> 254 C*14:02 29 0.0145
#> 255 C*14:03 5 0.0025
#> 256 C*15:02 47 0.0235
#> 257 C*15:05 12 0.0060
#> 258 C*15:07 1 0.0005
#> 259 C*15:09 1 0.0005
#> 260 C*16:01 49 0.0245
#> 261 C*16:02 16 0.0080
#> 262 C*16:04 4 0.0020
#> 263 C*17:01 11 0.0055
#> 264 C*17:03 10 0.0050
#> 265 C*18:02 3 0.0015
#> 266 DPA1*01:03 1522 0.7610
#> 267 DPA1*01:04 12 0.0060
#> 268 DPA1*01:05 1 0.0005
#> 269 DPA1*01:11 1 0.0005
#> 270 DPA1*02:01 308 0.1540
#> 271 DPA1*02:02 125 0.0625
#> 272 DPA1*02:06 9 0.0045
#> 273 DPA1*02:07 13 0.0065
#> 274 DPA1*03:01 8 0.0040
#> 275 DPA1*04:01 1 0.0005
#> 276 DPB1*01:01 74 0.0370
#> 277 DPB1*02:01 304 0.1520
#> 278 DPB1*02:02 30 0.0150
#> 279 DPB1*03:01 137 0.0685
#> 280 DPB1*04:01 685 0.3425
#> 281 DPB1*04:02 202 0.1010
#> 282 DPB1*05:01 107 0.0535
#> 283 DPB1*06:01 19 0.0095
#> 284 DPB1*09:01 20 0.0100
#> 285 DPB1*104:01 48 0.0240
#> 286 DPB1*105:01 14 0.0070
#> 287 DPB1*107:01 1 0.0005
#> 288 DPB1*10:01 25 0.0125
#> 289 DPB1*113:01 2 0.0010
#> 290 DPB1*11:01 40 0.0200
#> 291 DPB1*124:01 12 0.0060
#> 292 DPB1*126:01 7 0.0035
#> 293 DPB1*131:01 2 0.0010
#> 294 DPB1*133:01 1 0.0005
#> 295 DPB1*135:01 6 0.0030
#> 296 DPB1*138:01 1 0.0005
#> 297 DPB1*13:01 51 0.0255
#> 298 DPB1*14:01 39 0.0195
#> 299 DPB1*150:01 1 0.0005
#> 300 DPB1*158:01 1 0.0005
#> 301 DPB1*15:01 13 0.0065
#> 302 DPB1*162:01 5 0.0025
#> 303 DPB1*16:01 10 0.0050
#> 304 DPB1*17:01 49 0.0245
#> 305 DPB1*18:01 1 0.0005
#> 306 DPB1*19:01 7 0.0035
#> 307 DPB1*20:01 7 0.0035
#> 308 DPB1*21:01 4 0.0020
#> 309 DPB1*22:01 1 0.0005
#> 310 DPB1*234:01 1 0.0005
#> 311 DPB1*23:01 15 0.0075
#> 312 DPB1*259:01 1 0.0005
#> 313 DPB1*271:01 4 0.0020
#> 314 DPB1*294:01 1 0.0005
#> 315 DPB1*33:01 1 0.0005
#> 316 DPB1*350:01 7 0.0035
#> 317 DPB1*351:01 3 0.0015
#> 318 DPB1*36:01 1 0.0005
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