getHlaKirInteractions.RdgetHlaKirInteractions calculate presence-absence matrix of HLA - KIR
interactions.
getHlaKirInteractions(
hla_calls,
kir_calls,
interactions_dict = system.file("extdata", "Match_counts_hla_kir_interactions.txt",
package = "midasHLA")
)HLA calls data frame, as returned by
readHlaCalls function.
KIR calls data frame, as returned by
readKirCalls function.
Path to HLA - KIR interactions dictionary.
Data frame with variable number of columns. First column named
"ID" corresponds to "ID" column in counts, further
columns hold indicators for HLA - KIR interactions. 1 and 0
code presence and absence of a variable respectively.
hla_calls are first reduced to all possible resolutions and converted
to additional variables, such as G groups, using dictionaries shipped with
the package.
interactions_dict file should be a tsv format with header and two
columns. First column should be named "Name" and hold interactions
names, second should be named "Expression" and hold expression used to
identify interaction (eg. "C2 & KIR2DL1" will match all samples
with C2 and KIR2DL1). The package is shipped with an interactions
file based on Pende et al., 2019.
getHlaKirInteractions(
hla_calls = MiDAS_tut_HLA,
kir_calls = MiDAS_tut_KIR,
interactions_dict = system.file(
"extdata", "Match_counts_hla_kir_interactions.txt",
package = "midasHLA")
)
#> Warning: In ambiguous cases Bw4 will be assigned! See 'hlaToVariable' documentation for more details.
#> ID C2_KIR2DL1 C1_KIR2DL2 B*46:01_KIR2DL2 B*73:01_KIR2DL2 C2_KIR2DL2
#> 1 C001 0 0 0 0 0
#> 2 C002 1 0 0 0 0
#> 3 C003 1 0 0 0 0
#> 4 C004 0 0 0 0 0
#> 5 C005 0 0 0 0 0
#> 6 C006 0 0 0 0 0
#> 7 C007 0 0 0 0 0
#> 8 C008 1 0 0 0 0
#> 9 C009 0 1 0 0 0
#> 10 C010 1 1 0 0 1
#> 11 C011 NA NA 0 0 NA
#> 12 C012 1 1 0 0 1
#> 13 C013 0 1 0 0 0
#> 14 C014 1 0 0 0 1
#> 15 C015 0 NA 0 0 0
#> 16 C016 0 0 0 0 0
#> 17 C017 1 1 0 0 1
#> 18 C018 1 0 0 0 0
#> 19 C019 0 0 0 0 0
#> 20 C020 0 1 0 0 0
#> 21 C021 1 1 0 0 1
#> 22 C022 1 0 0 0 1
#> 23 C023 1 0 0 0 1
#> 24 C024 1 1 0 0 1
#> 25 C025 0 1 0 0 0
#> 26 C026 0 NA 0 0 0
#> 27 C027 1 0 0 0 1
#> 28 C028 0 1 0 0 0
#> 29 C029 0 0 0 0 0
#> 30 C030 1 1 0 0 1
#> 31 C031 1 0 0 0 1
#> 32 C032 0 1 0 0 0
#> 33 C033 1 0 0 0 0
#> 34 C034 1 0 0 0 0
#> 35 C035 1 1 0 0 1
#> 36 C036 0 0 0 0 0
#> 37 C037 1 1 0 0 1
#> 38 C038 0 1 0 0 0
#> 39 C039 1 0 0 0 1
#> 40 C040 0 1 0 0 0
#> 41 C041 0 0 0 0 0
#> 42 C042 1 0 0 0 1
#> 43 C043 1 0 0 0 0
#> 44 C044 1 0 0 0 0
#> 45 C045 1 0 0 0 0
#> 46 C046 0 0 0 0 0
#> 47 C047 1 0 0 0 1
#> 48 C048 1 1 0 0 1
#> 49 C049 0 1 0 0 0
#> 50 C050 1 1 0 0 1
#> 51 C051 0 0 0 0 1
#> 52 C052 0 1 0 0 0
#> 53 C053 1 0 0 0 0
#> 54 C054 0 1 0 0 0
#> 55 C055 1 0 0 0 0
#> 56 C056 0 1 0 0 0
#> 57 C057 1 0 0 0 1
#> 58 C058 1 1 0 0 1
#> 59 C059 1 0 0 0 1
#> 60 C060 1 1 0 0 1
#> 61 C061 0 1 0 0 0
#> 62 C062 1 0 0 0 1
#> 63 C063 1 0 0 0 1
#> 64 C064 1 0 0 0 0
#> 65 C065 1 1 0 0 1
#> 66 C066 1 0 0 0 1
#> 67 C067 1 0 0 0 0
#> 68 C068 0 1 0 0 0
#> 69 C069 1 0 0 0 0
#> 70 C070 1 0 0 0 1
#> 71 C071 0 1 0 0 0
#> 72 C072 0 1 0 0 0
#> 73 C073 1 0 0 0 0
#> 74 C074 1 0 0 0 0
#> 75 C075 0 0 0 0 0
#> 76 C076 1 0 0 0 1
#> 77 C077 1 1 0 0 1
#> 78 C078 NA NA 0 0 NA
#> 79 C079 1 0 0 0 0
#> 80 C080 1 0 0 0 0
#> 81 C081 0 0 0 0 0
#> 82 C082 0 0 0 0 0
#> 83 C083 1 0 0 0 0
#> 84 C084 0 0 0 0 0
#> 85 C085 0 0 0 0 0
#> 86 C086 NA 0 0 0 NA
#> 87 C087 1 0 0 0 0
#> 88 C088 1 1 0 0 1
#> 89 C089 0 1 0 0 0
#> 90 C090 1 1 0 0 1
#> 91 C091 0 0 0 0 0
#> 92 C092 1 0 0 0 1
#> 93 C093 0 0 0 0 0
#> 94 C094 0 1 0 0 0
#> 95 C095 1 0 0 0 0
#> 96 C096 1 0 0 0 0
#> 97 C097 1 1 0 0 1
#> 98 C098 1 0 0 0 0
#> 99 C099 0 0 0 0 0
#> 100 C100 0 NA 0 0 0
#> 101 C101 1 1 0 0 1
#> 102 C102 1 1 0 0 1
#> 103 C103 1 0 0 0 0
#> 104 C104 0 0 0 0 0
#> 105 C105 1 0 0 0 0
#> 106 C106 0 1 0 0 0
#> 107 C107 1 1 0 0 1
#> 108 C108 0 0 0 0 0
#> 109 C109 0 1 0 0 0
#> 110 C110 0 0 0 0 0
#> 111 C111 1 1 0 0 1
#> 112 C112 0 1 0 0 1
#> 113 C113 0 0 0 0 0
#> 114 C114 1 1 0 0 1
#> 115 C115 0 0 0 0 0
#> 116 C116 0 0 0 0 0
#> 117 C117 1 0 0 0 0
#> 118 C118 1 1 0 0 1
#> 119 C119 0 1 0 0 0
#> 120 C120 0 1 0 0 0
#> 121 C121 1 1 0 0 1
#> 122 C122 0 0 0 0 0
#> 123 C123 1 0 0 0 0
#> 124 C124 1 0 0 0 0
#> 125 C125 1 0 0 0 0
#> 126 C126 1 0 0 0 0
#> 127 C127 0 1 0 0 0
#> 128 C128 1 0 0 0 0
#> 129 C129 0 0 0 0 0
#> 130 C130 1 1 0 0 1
#> 131 C131 0 0 0 0 0
#> 132 C132 0 1 0 0 0
#> 133 C133 1 1 0 0 1
#> 134 C134 0 1 0 0 1
#> 135 C135 NA NA 0 0 NA
#> 136 C136 1 0 0 0 0
#> 137 C137 1 0 0 0 0
#> 138 C138 1 0 0 0 0
#> 139 C139 1 0 0 0 1
#> 140 C140 0 1 0 0 0
#> 141 C141 0 0 0 0 0
#> 142 C142 0 0 0 0 0
#> 143 C143 0 0 0 0 0
#> 144 C144 1 1 0 0 1
#> 145 C145 1 1 1 0 1
#> 146 C146 NA NA 0 0 NA
#> 147 C147 1 0 0 0 0
#> 148 C148 0 1 0 0 0
#> 149 C149 1 0 0 0 0
#> 150 C150 0 0 0 0 0
#> 151 C151 1 1 0 0 1
#> 152 C152 1 0 0 0 0
#> 153 C153 0 0 0 0 0
#> 154 C154 1 0 0 0 1
#> 155 C155 1 0 0 0 0
#> 156 C156 1 0 0 0 0
#> 157 C157 1 0 0 0 0
#> 158 C158 1 0 0 0 1
#> 159 C159 1 0 0 0 0
#> 160 C160 1 0 0 0 0
#> 161 C161 1 1 0 0 1
#> 162 C162 0 0 0 0 0
#> 163 C163 0 1 0 0 0
#> 164 C164 1 0 0 0 0
#> 165 C165 0 0 0 0 0
#> 166 C166 0 1 0 0 0
#> 167 C167 1 0 0 0 1
#> 168 C168 1 0 0 0 0
#> 169 C169 1 0 0 0 0
#> 170 C170 1 1 0 0 1
#> 171 C171 0 0 0 0 0
#> 172 C172 1 1 0 0 1
#> 173 C173 0 1 0 0 0
#> 174 C174 1 0 0 0 0
#> 175 C175 0 1 0 0 0
#> 176 C176 0 0 0 0 0
#> 177 C177 0 0 0 0 0
#> 178 C178 0 0 0 0 0
#> 179 C179 0 1 0 0 0
#> 180 C180 0 1 0 0 0
#> 181 C181 1 0 0 0 0
#> 182 C182 0 0 0 0 0
#> 183 C183 NA 0 0 0 NA
#> 184 C184 1 0 0 0 1
#> 185 C185 1 1 0 0 1
#> 186 C186 1 0 0 0 0
#> 187 C187 1 0 0 0 0
#> 188 C188 0 0 0 0 0
#> 189 C189 1 0 0 0 1
#> 190 C190 0 1 0 0 0
#> 191 C191 0 1 0 0 0
#> 192 C192 0 1 0 0 0
#> 193 C193 1 0 0 0 0
#> 194 C194 NA 0 0 0 NA
#> 195 C195 1 0 0 0 0
#> 196 C196 0 NA 0 0 0
#> 197 C197 1 0 0 0 0
#> 198 C198 1 1 0 0 1
#> 199 C199 1 0 0 0 1
#> 200 C200 1 1 0 0 1
#> 201 C201 1 1 0 0 1
#> 202 C202 0 0 0 0 0
#> 203 C203 1 0 0 0 0
#> 204 C204 1 1 0 0 1
#> 205 C205 1 1 0 0 1
#> 206 C206 1 1 0 0 1
#> 207 C207 1 0 0 0 0
#> 208 C208 1 0 0 0 0
#> 209 C209 NA 0 0 0 NA
#> 210 C210 1 0 0 0 0
#> 211 C211 0 1 0 0 0
#> 212 C212 1 0 0 0 0
#> 213 C213 0 1 0 0 0
#> 214 C214 0 1 0 0 0
#> 215 C215 0 1 0 0 0
#> 216 C216 1 1 0 0 1
#> 217 C217 1 0 0 0 1
#> 218 C218 0 0 0 0 0
#> 219 C219 1 0 0 0 0
#> 220 C220 0 0 0 0 0
#> 221 C221 0 1 0 0 0
#> 222 C222 0 0 0 0 0
#> 223 C223 1 0 0 0 0
#> 224 C224 1 1 0 0 1
#> 225 C225 0 0 0 0 0
#> 226 C226 1 0 0 0 0
#> 227 C227 1 0 0 0 1
#> 228 C228 1 1 0 0 1
#> 229 C229 0 1 0 0 0
#> 230 C230 1 0 0 0 0
#> 231 C231 1 1 0 0 1
#> 232 C232 0 0 0 0 0
#> 233 C233 0 1 0 0 0
#> 234 C234 0 0 0 0 0
#> 235 C235 1 1 0 0 1
#> 236 C236 1 0 0 0 0
#> 237 C237 0 0 0 0 0
#> 238 C238 1 1 0 0 1
#> 239 C239 0 1 0 0 0
#> 240 C240 1 0 0 0 0
#> 241 C241 1 0 0 0 0
#> 242 C242 1 1 0 0 1
#> 243 C243 0 0 0 0 0
#> 244 C244 0 1 0 0 0
#> 245 C245 1 0 0 0 0
#> 246 C246 0 0 0 0 0
#> 247 C247 1 0 0 0 0
#> 248 C248 NA NA 0 0 NA
#> 249 C249 0 0 0 0 0
#> 250 C250 0 0 0 0 0
#> 251 C251 0 0 0 0 0
#> 252 C252 1 0 0 0 0
#> 253 C253 1 1 0 0 1
#> 254 C254 0 0 0 0 0
#> 255 C255 1 1 0 0 1
#> 256 C256 NA NA 0 0 NA
#> 257 C257 0 0 0 0 0
#> 258 C258 1 0 0 0 0
#> 259 C259 1 0 0 0 1
#> 260 C260 1 0 0 0 0
#> 261 C261 1 0 0 0 0
#> 262 C262 1 0 0 0 0
#> 263 C263 1 0 0 0 0
#> 264 C264 1 0 0 0 0
#> 265 C265 1 0 0 0 0
#> 266 C266 NA 0 0 0 NA
#> 267 C267 1 0 0 0 0
#> 268 C268 NA NA 0 0 NA
#> 269 C269 1 0 0 0 0
#> 270 C270 0 0 0 0 0
#> 271 C271 1 0 0 0 0
#> 272 C272 1 1 0 0 1
#> 273 C273 0 1 0 0 0
#> 274 C274 0 1 0 0 0
#> 275 C275 NA NA 0 0 NA
#> 276 C276 1 0 0 0 0
#> 277 C277 1 1 0 0 1
#> 278 C278 0 0 0 0 0
#> 279 C279 1 0 0 0 0
#> 280 C280 1 0 0 0 0
#> 281 C281 1 0 0 0 0
#> 282 C282 1 0 0 0 0
#> 283 C283 1 0 0 0 0
#> 284 C284 1 1 0 0 1
#> 285 C285 1 0 0 0 0
#> 286 C286 0 0 0 0 0
#> 287 C287 NA 0 0 0 NA
#> 288 C288 NA NA 0 0 NA
#> 289 C289 1 1 0 0 1
#> 290 C290 1 1 0 0 1
#> 291 C291 1 0 0 0 1
#> 292 C292 1 0 0 0 0
#> 293 C293 0 1 0 0 0
#> 294 C294 0 1 0 0 0
#> 295 C295 0 0 0 0 0
#> 296 C296 1 1 0 0 1
#> 297 C297 0 0 0 0 0
#> 298 C298 0 1 0 0 0
#> 299 C299 1 0 0 0 0
#> 300 C300 1 0 0 0 0
#> 301 C301 0 0 0 0 0
#> 302 C302 1 1 0 0 1
#> 303 C303 0 1 0 0 0
#> 304 C304 1 0 0 0 0
#> 305 C305 1 0 0 0 0
#> 306 C306 1 0 0 0 0
#> 307 C307 0 1 0 0 0
#> 308 C308 1 1 0 0 1
#> 309 C309 1 0 0 0 1
#> 310 C310 0 0 0 0 0
#> 311 C311 1 0 0 0 0
#> 312 C312 1 0 0 0 0
#> 313 C313 1 0 0 0 0
#> 314 C314 1 1 0 0 1
#> 315 C315 0 1 0 0 0
#> 316 C316 1 0 0 0 0
#> 317 C317 1 0 0 0 0
#> 318 C318 1 0 0 0 1
#> 319 C319 0 0 0 0 0
#> 320 C320 1 0 0 0 1
#> 321 C321 1 1 0 0 1
#> 322 C322 1 0 0 0 0
#> 323 C323 1 0 0 0 0
#> 324 C324 0 0 0 0 0
#> 325 C325 1 0 0 0 0
#> 326 C326 0 0 0 0 0
#> 327 C327 1 0 0 0 0
#> 328 C328 1 0 0 0 0
#> 329 C329 0 1 0 0 0
#> 330 C330 1 0 0 0 0
#> 331 C331 1 1 0 0 1
#> 332 C332 1 0 0 0 0
#> 333 C333 1 0 0 0 0
#> 334 C334 1 0 0 0 0
#> 335 C335 0 0 0 0 0
#> 336 C336 0 0 0 0 0
#> 337 C337 1 0 0 0 0
#> 338 C338 0 0 0 0 0
#> 339 C339 1 0 0 0 1
#> 340 C340 1 0 0 0 0
#> 341 C341 0 0 0 0 0
#> 342 C342 1 0 0 0 1
#> 343 C343 1 0 0 0 0
#> 344 C344 1 1 0 0 1
#> 345 C345 NA 0 0 0 NA
#> 346 C346 NA NA 0 0 NA
#> 347 C347 1 0 0 0 1
#> 348 C348 1 0 0 0 0
#> 349 C349 1 0 0 0 1
#> 350 C350 1 0 0 0 0
#> 351 C351 0 0 0 0 0
#> 352 C352 1 0 0 0 0
#> 353 C353 0 1 0 0 0
#> 354 C354 1 0 0 0 1
#> 355 C355 1 0 0 0 0
#> 356 C356 0 0 0 0 0
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