reduceHlaCalls.RdreduceHlaCalls reduces HLA calls data frame to specified resolution.
reduceHlaCalls(hla_calls, resolution = 4)HLA calls data frame, as returned by
readHlaCalls function.
Number specifying desired resolution.
HLA calls data frame reduced to specified resolution.
Alleles with resolution greater than resolution or optional suffixes
are returned unchanged.
reduceHlaCalls(MiDAS_tut_HLA, resolution = 2)
#> ID A_1 A_2 B_1 B_2 C_1 C_2 DPA1_1 DPA1_2 DPB1_1
#> 1 C001 A*25 A*26 B*07 B*18 C*12 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 2 C002 A*02 A*02 B*50 B*18 C*06 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 3 C003 A*24 A*24 B*46 B*40 C*01 C*15 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*05
#> 4 C004 A*01 A*24 B*08 B*15 C*07 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 5 C005 A*01 A*25 B*18 B*08 C*12 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 6 C006 A*03 A*01 B*07 B*08 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*57
#> 7 C007 A*01 A*02 B*15 B*08 C*07 C*03 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 8 C008 A*11 A*02 B*35 B*27 C*03 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 9 C009 A*23 A*01 B*13 B*18 C*07 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*01
#> 10 C010 A*31 A*02 B*15 B*56 C*04 C*03 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*05
#> 11 C011 A*02 A*01 B*07 B*13 C*06 C*07 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*17
#> 12 C012 A*02 A*02 B*15 B*27 C*02 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 13 C013 A*02 A*01 B*49 B*57 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 14 C014 A*30 A*01 B*37 B*27 C*06 C*02 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*02
#> 15 C015 A*02 A*03 B*07 B*07 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 16 C016 A*01 A*68 B*42 B*08 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 17 C017 A*03 A*11 B*08 B*18 C*05 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 18 C018 A*11 A*02 B*15 B*37 C*06 C*04 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 19 C019 A*02 A*31 B*54 B*40 C*08 C*01 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 20 C020 A*01 A*29 B*44 B*08 C*07 C*16 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*01
#> 21 C021 A*11 A*02 B*18 B*44 C*07 C*05 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*10
#> 22 C022 A*01 A*25 B*35 B*35 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 23 C023 A*24 A*30 B*44 B*18 C*05 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 24 C024 A*23 A*25 B*50 B*18 C*06 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 25 C025 A*26 A*33 B*40 B*38 C*12 C*03 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*05
#> 26 C026 A*24 A*02 B*40 B*15 C*03 C*03 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*13
#> 27 C027 A*02 A*02 B*44 B*18 C*05 C*05 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*03
#> 28 C028 A*02 A*01 B*07 B*07 C*07 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 29 C029 A*03 A*03 B*38 B*14 C*08 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 30 C030 A*30 A*29 B*44 B*35 C*04 C*16 DPA1*02 DPA1*03 DPB1*105
#> 31 C031 A*68 A*01 B*35 B*35 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 32 C032 A*02 A*24 B*15 B*38 C*03 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*06
#> 33 C033 A*01 A*02 B*08 B*13 C*07 C*06 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*02
#> 34 C034 A*02 A*68 B*40 B*44 C*04 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 35 C035 A*02 A*01 B*15 B*44 C*05 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 36 C036 A*02 A*24 B*48 B*40 C*08 C*08 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*02
#> 37 C037 A*01 A*01 B*07 B*13 C*06 C*07 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*04
#> 38 C038 A*11 A*24 B*08 B*07 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 39 C039 A*02 A*30 B*37 B*18 C*06 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*03
#> 40 C040 A*26 A*31 B*39 B*38 C*12 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 41 C041 A*32 A*03 B*07 B*15 C*03 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*23
#> 42 C042 A*02 A*03 B*51 B*13 C*02 C*06 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*16
#> 43 C043 A*02 A*01 B*49 B*35 C*04 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 44 C044 A*24 A*26 B*40 B*13 C*06 C*01 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 45 C045 A*32 A*26 B*27 B*39 C*15 C*01 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 46 C046 A*01 A*25 B*08 B*18 C*12 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 47 C047 A*03 A*11 B*35 B*53 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 48 C048 A*32 A*24 B*55 B*45 C*06 C*03 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*06
#> 49 C049 A*24 A*33 B*44 B*52 C*14 C*12 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*09
#> 50 C050 A*11 A*03 B*39 B*44 C*05 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 51 C051 A*29 A*23 B*37 B*44 C*06 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 52 C052 A*25 A*02 B*44 B*58 C*07 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*03
#> 53 C053 A*02 A*02 B*13 B*49 C*06 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*17
#> 54 C054 A*01 A*03 B*07 B*08 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 55 C055 A*24 A*01 B*39 B*35 C*12 C*04 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*02
#> 56 C056 A*24 A*24 B*08 B*39 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 57 C057 A*11 A*03 B*35 B*40 C*04 C*02 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 58 C058 A*31 A*24 B*49 B*44 C*02 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 59 C059 A*11 A*24 B*35 B*44 C*04 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 60 C060 A*02 A*01 B*08 B*40 C*02 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 61 C061 A*03 A*02 B*18 B*07 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 62 C062 A*30 A*24 B*18 B*44 C*05 C*05 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*17
#> 63 C063 A*30 A*02 B*18 B*44 C*05 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 64 C064 A*02 A*02 B*44 B*44 C*05 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 65 C065 A*11 A*11 B*08 B*51 C*07 C*15 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 66 C066 A*02 A*32 B*35 B*57 C*06 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 67 C067 A*02 A*26 B*35 B*38 C*04 C*12 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 68 C068 A*25 A*03 B*49 B*18 C*07 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 69 C069 A*25 A*01 B*57 B*15 C*07 C*06 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*13
#> 70 C070 A*02 A*23 B*41 B*50 C*06 C*17 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 71 C071 A*29 A*29 B*08 B*44 C*07 C*16 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 72 C072 A*01 A*24 B*08 B*40 C*03 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*01
#> 73 C073 A*33 A*30 B*15 B*13 C*03 C*06 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 74 C074 A*32 A*02 B*41 B*40 C*15 C*17 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*11
#> 75 C075 A*68 A*03 B*51 B*52 C*16 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 76 C076 A*29 A*02 B*35 B*35 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 77 C077 A*32 A*01 B*40 B*57 C*02 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*03
#> 78 C078 A*26 A*01 B*55 B*57 C*06 C*03 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*13
#> 79 C079 A*03 A*03 B*35 B*35 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 80 C080 A*02 A*30 B*18 B*40 C*03 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 81 C081 A*02 A*03 B*08 B*44 C*07 C*16 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 82 C082 A*31 A*29 B*15 B*15 C*01 C*03 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 83 C083 A*11 A*11 B*44 B*35 C*04 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*13
#> 84 C084 A*31 A*02 B*46 B*51 C*01 C*14 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*02
#> 85 C085 A*11 A*02 B*52 B*14 C*07 C*08 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 86 C086 A*26 A*02 B*37 B*44 C*05 C*06 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 87 C087 A*02 A*03 B*49 B*27 C*07 C*02 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*03
#> 88 C088 A*24 A*02 B*15 B*35 C*03 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 89 C089 A*02 A*68 B*39 B*14 C*08 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 90 C090 A*01 A*01 B*15 B*08 C*07 C*02 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 91 C091 A*01 A*02 B*08 B*51 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 92 C092 A*02 A*23 B*44 B*51 C*04 C*15 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*14
#> 93 C093 A*02 A*25 B*44 B*49 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 94 C094 A*24 A*26 B*07 B*40 C*08 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 95 C095 A*30 A*30 B*13 B*44 C*03 C*06 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*01
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#> 97 C097 A*02 A*68 B*44 B*14 C*05 C*08 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 98 C098 A*32 A*02 B*15 B*44 C*03 C*05 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*14
#> 99 C099 A*26 A*24 B*15 B*07 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 100 C100 A*03 A*68 B*15 B*07 C*07 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 101 C101 A*23 A*02 B*08 B*51 C*15 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 102 C102 A*02 A*01 B*15 B*15 C*03 C*04 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*14
#> 103 C103 A*02 A*02 B*07 B*13 C*07 C*06 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 104 C104 A*02 A*26 B*07 B*15 C*07 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 105 C105 A*02 A*03 B*44 B*35 C*15 C*05 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*01
#> 106 C106 A*29 A*01 B*08 B*44 C*16 C*07 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*01
#> 107 C107 A*33 A*11 B*18 B*44 C*04 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 108 C108 A*29 A*02 B*15 B*44 C*03 C*16 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*16
#> 109 C109 A*66 A*23 B*49 B*38 C*12 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*14
#> 110 C110 A*68 A*26 B*44 B*27 C*01 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 111 C111 A*02 A*24 B*55 B*44 C*03 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 112 C112 A*02 A*01 B*08 B*35 C*04 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 113 C113 A*31 A*02 B*18 B*44 C*07 C*07 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*17
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#> 115 C115 A*68 A*32 B*40 B*40 C*03 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*16
#> 116 C116 A*24 A*24 B*52 B*15 C*12 C*03 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*09
#> 117 C117 A*03 A*03 B*07 B*35 C*04 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 118 C118 A*02 A*02 B*07 B*45 C*06 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*104
#> 119 C119 A*02 A*02 B*40 B*13 C*03 C*08 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*05
#> 120 C120 A*68 A*02 B*18 B*14 C*08 C*07 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*02
#> 121 C121 A*02 A*24 B*54 B*15 C*01 C*15 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*02
#> 122 C122 A*11 A*03 B*14 B*18 C*07 C*08 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*05
#> 123 C123 A*02 A*02 B*53 B*49 C*04 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*03
#> 124 C124 A*24 A*26 B*18 B*27 C*01 C*05 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 125 C125 A*11 A*29 B*35 B*44 C*16 C*04 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*04
#> 126 C126 A*11 A*03 B*51 B*35 C*04 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 127 C127 A*11 A*24 B*38 B*55 C*08 C*07 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*05
#> 128 C128 A*02 A*74 B*18 B*51 C*01 C*02 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*17
#> 129 C129 A*31 A*11 B*07 B*39 C*12 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 130 C130 A*01 A*11 B*44 B*08 C*07 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 131 C131 A*03 A*32 B*07 B*14 C*07 C*08 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 132 C132 A*01 A*03 B*07 B*52 C*12 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 133 C133 A*03 A*02 B*35 B*07 C*07 C*04 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*05
#> 134 C134 A*01 A*02 B*14 B*44 C*04 C*08 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*13
#> 135 C135 A*03 A*24 B*35 B*38 C*04 C*12 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 136 C136 A*24 A*11 B*07 B*35 C*07 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 137 C137 A*11 A*26 B*35 B*15 C*04 C*03 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*03
#> 138 C138 A*02 A*26 B*35 B*07 C*15 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 139 C139 A*03 A*74 B*15 B*58 C*06 C*02 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*13
#> 140 C140 A*25 A*11 B*18 B*08 C*07 C*12 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*17
#> 141 C141 A*01 A*02 B*14 B*08 C*08 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 142 C142 A*24 A*31 B*59 B*40 C*03 C*01 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 143 C143 A*03 A*02 B*15 B*15 C*03 C*03 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 144 C144 A*03 A*68 B*35 B*07 C*07 C*04 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 145 C145 A*24 A*02 B*40 B*46 C*01 C*04 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*135
#> 146 C146 A*32 A*24 B*55 B*44 C*03 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*124
#> 147 C147 A*01 A*02 B*08 B*18 C*07 C*05 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*15
#> 148 C148 A*01 A*02 B*08 B*07 C*07 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*02
#> 149 C149 A*03 A*24 B*51 B*35 C*15 C*04 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*04
#> 150 C150 A*68 A*01 B*14 B*58 C*07 C*08 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*104
#> 151 C151 A*02 A*02 B*40 B*27 C*03 C*02 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 152 C152 A*01 A*11 B*50 B*08 C*06 C*07 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 153 C153 A*68 A*11 B*56 B*40 C*07 C*01 DPA1*01 DPA1*01 DPB1*04
#> 154 C154 A*02 A*32 B*51 B*44 C*16 C*05 DPA1*01 DPA1*02 DPB1*03
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#> 156 C156 A*01 A*24 B*35 B*35 C*04 C*04 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*02
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#> 290 C290 A*01 A*02 B*27 B*35 C*04 C*01 DPA1*02 DPA1*01 DPB1*10
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#> 297 C297 A*03 A*01 B*38 B*52 C*12 C*12 DPA1*02 DPA1*02 DPB1*13
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